Родился 24 февраля1922 года в деревне Зарюховская Буда Стародубского уезда Гомельской губернии (ныне Березина, Унечский район, Брянская область) в семье крестьянина. Отец — Сергей Ермолаевич Дудко — был арестован в 1937 году за отказ вступить в колхоз. Мать — Елизавета Никаноровна Дудко — воспитывала четверых детей: Дмитрия, Владимира, Николая и Матрёну.
В 1941—1943 годах находился на оккупированной территории. В 1943 году был призван в Красную армию, воевал[2]/ В 1944 году был комиссован после ранения и перенесённой болезни (тифа).
20 января 1948 года был арестован и приговорён к десяти годам лагерей с последующими пятью годами поражения в правах по ст. 58—10 Уголовного кодекса РСФСР (антисоветская агитация и пропаганда) — за то, что в 1942 году, находясь в оккупации, опубликовал свои стихи в газете, контролировавшейся немецкими властями. В 1956 году был освобождён.
В 1973 году «за нарушение церковной дисциплины», а точнее за его проповеди, отцу Дмитрию запретили служить. Через четыре месяца запрещение было снято, а отец Дмитрий был направлен священником в храм Великомученика Никиты в отдалённое село Кабаново Орехово-Зуевского района Московской области. После тяжёлой аварии и излечения отец Димитрий приступил к службе в храме Смоленско-Гребневской иконы Божией Матери в селе Гребнево Московской области.
В середине 1970-х годов начал публиковать на Западе свои статьи и воззвания, именуя себя «солдатом русской армии». Пресса РПЦЗ, прежде всего «Православная Русь», охотно публиковала его тексты. Священник рассказывал об уничтожении крестьянства, аресте отца, своих собственных страданиях, пережитых в советских лагерях[3].
15 января 1980 года отец Дмитрий был обвинён в антисоветской деятельности и арестован. Ареста и последующего давления не перенёс. 5 июня 1980 года он обратился с открытым письмом к патриарху Пимену[4], где заявил, что никогда не боролся против советской власти. Подобное заявление он сделал и по телевидению 20 июня во время Московской Олимпиады, «не в рясе, а в плохо сидящем костюмчике»[5]. 21 июня выступил и со статьёй «Запад ищет сенсаций»[6], где отрицал гонения, воспевал Советский Союз и отрекался от своих прежних «клеветнических книг и статей». Вчерашний обличитель коммунизма назвал и людей, через которых передавал свои тексты на запад, — корреспондента «Нью-Йорк Таймс» К. Рена, профессора А. Р. Небольсина и архиепископа Василия (Кривошеина)[3]. В 1981 году уголовное дело против отца Дмитрия было закрыто.
В сентябре 1980 года отец Димитрий приступил к служению в храме Владимирской иконы Божией Матери в селе Виноградове Московской области. В 1984 году по решению церковных властей был отправлен служить сельским священником в село Черкизово Коломенского района. В 1990 году удостоен сана протоиерея. В 2001 году награждён крестом с украшениями.
Стал широко известен благодаря ярким проповедям, часть из которых была издана в виде книги. Был духовником очень значительного числа людей, среди которых много известных и общественно значимых лиц. Организатор христианских чтений и собеседований, общества трезвости. Писатель и поэт. В своих книгах и стихах описывал пережитый духовный опыт, проповедовал православную веру.
Был духовником газеты «Завтра», печатал в ней свои статьи.
Был членом Союза писателей России, автором ряда поэтических и прозаических произведений.
Написал послесловие к изданной в 1995 году книге Михаила Лобанова «Сталин»[8], в котором заявил, что Сталин был верующим человеком и по-отечески заботился о России.
Как отмечал Виталий Аверьянов (в 2013): «Образ примирения царя-мученика и генералиссимуса Сталина, насколько мне известно, впервые прозвучал в книгах протоиерея Димитрия Дудко, священника, который для многих православных служит камертоном в духовном понимании политической жизни. В работе „Посмертные встречи со Сталиным“ он изображает встречу царя и диктатора: Сталин, разглядев, кто перед ним, бухнулся в ноги государю. А Николай II в разговоре с советским вождем признает: „Сталин старался сохранить страну как империю“»[9].