Площадь Эстонии 45 226 км², протяжённость с севера на юг составляет 240 км, а с запада на восток 350 км[1].
Общая протяжённость границы — 633 км.
Протяжённость границ с Латвией — 339 км, Россией — 294 км.
Длина береговой линии 3794 км — превосходит по длине совокупную длину береговых линий Латвии и Литвы в 6 раз.
В состав Эстонии входит 1521 остров в акватории Балтийского моря общей площадью 4,2 тыс. км². Самые крупные из них — Сааремаа и Хийумаа, а также Муху, Вормси, Кихну и др., входящие в состав Моонзундского архипелага (Моондсуу). Несмотря на значительную площадь, на островах проживает менее 5 % населения страны. Реки Эстонии невелики, но достаточно полноводны.
Поверхность низменная холмистая и болотистая местность .
Самая высокая точка — г. Суур-Мунамяги (Suur-Munamägi) 318 м.
Самой западной точкой страны является остров Ноотамаа[2].
Эстония располагает густой речной сетью. Реки северной и западной Эстонии (Нарва, Пирита, Казари, Пярну и др.) впадают непосредственно в заливы Балтийского моря, а реки восточной Эстонии имеют сток во внутренние водоёмы: в озеро Выртсъярв на юге (р. Пыльтсамаа) и Чудское озеро (р. Эмайыги) и Псковское озеро на востоке. Самая длинная река — Выханду имеет протяжённость 162 км и впадает в Тёплое озеро. Наиболее многоводные реки — Нарва, через которую сток Чудского озера направляется в Финский залив, и Эмайыги. Судоходна только р. Эмайыги, причём ниже города Тарту. Во время весенних паводков уровень воды в реках значительно повышается (до 5 м).
Озёра Эстонии занимают около 5 % территории страны, всего их насчитывается более 1100, почти все они имеют ледниковое происхождение[3]. По более точной информации, в Эстонии примерно 1200 естественных озёр (имеющих площадь более одного гектара, то есть 0,01 км²) и они занимают 4,7 % площади страны[4]. Крупнейшее озеро страны Чудское (или Пейпси) расположено на востоке и образует природную и историческую границу с Россией. Площадь Чудского озера 3555 км², из них 1616 км² (44,2 %) принадлежат Эстонии. Самый крупный внутренний водоём Эстонии — озеро Выртсъярв, имеющее площадь 269 км².
По данным всемирной книги фактов ЦРУ по состоянию на 2018 год леса покрывают 52,1 % территории Эстонии.[5] Через Эстонию проходит граница растительно-географических провинций Восточной и Центральной Европы: почти 35 % общего числа всех видов или подвидов в Эстонии находятся на границе своей зоны распространения. Большинство видов, добравшихся до границ ареала, располагаются на северной, северо-восточной или восточной границе (например, шпажник черепитчатый, ирис сибирский, кокушник ароматнейший, пыльцеголовник белый и красный, плющ, терновник), что говорит о преимущественно европейском происхождении эстонской растительности. Тем не менее, здесь распространены и виды, растущие на западной, северо-западной или южной границе (мерингия бокоцветковая, бузульник, княженика обыкновенная).
Оказавшиеся на границе ареала растения проникли в Эстонию в разные климатические периоды и их называют реликтами соответствующего периода. В Эстонии встречаются и некоторые виды растений, развившиеся именно здесь: из присущих только Эстонии видов растений хорошо известен сааремааский погремок, менее известна соссюрея эстонская. Фактически в Эстонии выделяют 83 распространенных лишь здесь вида или подвида, большинство из которых относятся к маленькому виду семейства ястребинки. Со временем к древним растениям добавилось множество видов, распространению которых способствовала деятельность человека. Преимущественно из-за сельского хозяйства и грузоперевозок распространились многие сорняки. Многие луговые растения (лютик едкий, щучка дернистая и нивяник обыкновенный) укоренились в Эстонии значительно раньше. Из низших растений в Эстонии обнаружено более 2500 видов водорослей и 680 видов лишайника. Согласно последним данным, флора Эстонии представлена 1441 видом сосудистых растений, вместе с подвидами их насчитывается 1538 видов[6][7][8].
В пресных водоёмах и прибрежных водах обитают более 70 видов рыб (карповые, лососёвые, снеток, ряпушка, чудской сиг, лещ, плотва, окунь, судак, щука, налим, форель, карась, линь, сазан, салака, килька, треска, камбала, морской сиг, угорь и др.). Многие из них имеют промысловое значение[6].[7][8].
↑ 12Отв. ред. М.И. Ростовцев.Эстония. // Советский Союз. Геогр. описание в 22 томах. — Москва: "Мысль", 1967. — С. 254 с. с илл., карт. и диагр.; 9 л. илл.; 1 л. карт..
↑ 12Под общ. ред. В.Е. Соколова, Е.Е. Сыроечковского.Заповедники Прибалтики и Белоруссии. // Заповедники СССР. — Москва: "Мысль", 1989. — С. 317[2] с. ил., карт. — ISBN 5-244-00317-8.