Карлос Гарайкоэчеа родился в 2 июня 1938 года в Памплоне, в большой, католической, традиционалистской и богатой семье.
В 1986 году Гарайкоэчеа из-за разногласий вышел из Баскской националистической партии и 17 сентября основал партию Эуско Алькартасуна, которую он возглавлял до 1999 года.
Был одним из инициаторов увековечения памяти баскского поэта-песенника Хосе Марии Ипаррагирре.