До XVIII века переулок уже существовал и носил название Вознесенский по церкви Вознесения, стоявшей здесь когда-то. С развитием и ростом в XVIII веке стоявшего в переулке женского Варсонофьевского монастыря стал называться Варсонофьевским. При монастыре было кладбище, куда свозили для погребения нищих и погибших насильственной смертью. Быть погребённым здесь считалось у москвичей большим позором, поэтому в Смутное времяЛжедмитрий I приказал захоронить здесь тела Бориса Годунова и его семьи. Впоследствии они были перезахоронены в Троице-Сергиевой лавре. В 1765 году монастырь был упразднён, а его собор стал обычной приходской церковью Вознесения.
В конце XIX века переулок был застроен доходными домами, многие из которых сохранились до нашего времени. В 1931 году снесена церковь Вознесения.
№ 3, стр. 1 — Доходный дом М. Г. Поповой (1878, архитектор А. С. Каминский; надстроен в 1930-х гг.), ценный градоформирующий объект[1]. В доме жила актриса А. И. Шуберт-Яновская[2].
№ 5 — на этом месте располагался монастырь, давший имя переулку. От монастыря в наше время ничего не осталось. Церковь Вознесения, бывшая некогда монастырским собором, была снесена в 1931 году, а на её месте в начале 1930-х годов построено здание поликлиники Наркомата внутренних дел[3], в котором сейчас находится Поликлиника № 1 ФСБ РФ.
№ 7 — памятник архитектуры XVIII века, палаты князя М. В. Голицына. В 1760 году перешли к генералу М. Л. Измайлову. В 1874 году по проекту архитектора П. П. Скоморошенко палаты были надстроены двумя этажами, окружавший их сад был вырублен, а на его месте построены ещё два жилых корпуса. В годы сталинских репрессий в этом доме на углу Большой Лубянки и Варсонофьевского переулка размещались особые службы ВЧК. По ночам грузовичками вывозили из дома трупы «врагов народа», а по утрам дворники из шлангов смывали кровь с мостовых. В конце 1930-х людей вывозили на расстрел уже во двор, Сейчас в этом здании располагается Центральная аптека ФСБ РФ.
N11 — Когда-то в здании располагалась бывшая лаборатория по изготовлению ядов для МГБ СССР под руководством Григория Майрановского.
По чётной стороне:
№ 2/10, стр. 1 — Городская усадьба Я. И. Чекойского — М. С. Калмыкова — Доходное владение В. С. Мышецкого (1821, до 1844, 1884, архитектор М. А. Арсеньев), ценный градоформирующий объект[1].
№ 4 — Доходный дом А. Е. Альберт, построенный в 1900 году архитектором Н. П. Матвеевым, надстроен в 1908 году гражданским инженером В. Е. Дубовским[1]. В начале XX века здесь жила балерина Е. В. Гельцер.С 1918 по 1970 гг. здесь жила известный педагог и общественный деятель А. В. Скрябина с мужем, народным учителем М. А. Пышкало и семьёй.
№ 8, стр. 1-4 — Доходный дом А. Г. Гагарина (1892, архитектор Н. Г. Фалеев), ценный градоформирующий объект[1]. В доме жил артист эстрады Владимир Яхонтов[6].
№ 10-12/7-9 — Административное здание КГБ СССР (1970-е), сейчас — ФСБ РФ[1].
Транспорт
Недалеко от переулка располагается выход станции метро Кузнецкий Мост. Общественный транспорт по переулку не ходит. Движение автомобилей по переулку одностороннее, в направлении от Большой Лубянки к Рождественке.
↑Шуберт-Яновская Александра Ивановна // Московская энциклопедия. / Гл. ред. С. О. Шмидт. — М., 2007—2014. — Т. I. Лица Москвы: [в 6 кн.].
↑Васильев Н. Ю., Евстратова М. В., Овсянникова Е. Б., Панин О. А. Архитектура авангарда. Вторая половина 1920-х — первая половина 1930-х годов. — М.: С. Э. Гордеев, 2011. — С. 98. — 480 с.
↑Московский архитектор Лев Кекушев / М. В. Нащокина ; Рос. Акад. Архитектуры и строит. наук, НИИ теории и истории архитектуры и градостроительства. — СПб.: Коло, 2012. — С. 28—29. — 504 [24] с. — ISBN 978-5-901841-97-6.
↑История дома № 6 (неопр.). Дата обращения: 1 октября 2007. Архивировано из оригинала 29 июня 2007 года.
↑Яхонтов Владимир Николаевич // Московская энциклопедия. / Гл. ред. С. О. Шмидт. — М., 2007—2014. — Т. I. Лица Москвы: [в 6 кн.].