Клуб вплоть до 1996 года назывался «Нурафшон», а с 1997 года носит своё первоначальное название — «Бухара». До 2009 года команда непрерывно выступала в Высшей лиге Узбекистана.
За этот период бухарский клуб по итогам сезонов в основном занимал места в середине или в конце турнирной таблицы (с 5-го до 15-го).
В сезоне-2009 «Бухара» заняла предпоследнее, 15-е место и вылетела в Первую лигу чемпионата Узбекистана.
В 2010 году «Бухара» стала победителем Первой лиги и вернула себе право выступать в Высшей лиге, опередив «Согдиану» на 8 очков.
С сезона-2011 «Бухара» снова постоянный участник Высшей лиги, которая с 2018 года стала называться Суперлигой Узбекистана.
По итогам сезона 2020 года занял последнее место в высшим по значимости «Суперлиги» Узбекистана среди 12 клубов вылетев в «Пролигу».
13 июля 2021 года был вновь переименован в профессиональный футбольный клуб «Нурафшон»[2].
«Бухара» проводит свои домашние матчи на стадионе «Бухара Арена» (также известен под названием «Бухара»), который является частью крупного спорткомлекса «Бухара».
Стадион вмещает 22 700 зрителей, являясь самым крупным в Бухаре и Бухарском вилояте. «Бухара Арена» — один из самых посещаемых стадионов чемпионата Узбекистана. В каждом матче ПФК «Бухара» он заполняется до отказа.
«Бухара» имеет одну из самых больших армий болельщиков в Узбекистане. Почти на каждый матч трибуны «Бухара Арена» заполняются до отказа.
Принципиальным соперником «Бухары» является самаркандское «Динамо» из столицы соседнего Самаркандского вилоята. Болельщики «Бухары» и «Динамо» имеют дружественные отношения, болея вместе за обе команды, если в матче соперниками их клубов становятся остальные клубы страны.
Большую популярность в стране имеет так называемое «Дерби древних городов», участниками которого являются «Бухара» и самаркандское «Динамо». Оба клуба представляют одни из самых древних городов Узбекистана и мира.
Периодически возникает «Бухарское дерби», если между собой играют клубы «Бухара», «Спартак» (Бухара), «Гиждуван» или «Вабкент» из соседних городов Гиждуван и Вабкент.
У клуба «Бухара» имеется множество прозвищ: «Бухарцы» (узб.Buxoroliklar/Бухороликлар); «Воины пустыни» (узб.Choʻl jangchilari/Чўл жангчилари) — отсылка к тому, что весь Бухарский оазис, в центре которого расположен город Бухара, окружен пустыней; «Старогородцы» (узб.Koʻhna shaharliklar/Кўҳна шаҳарликлар) — из-за к древности Бухары; «Эмирский клуб» (узб.Amir klubi/Амир клуби) — в честь существовавшего до 1920 года Бухарского эмирата и его главы — Эмира.
Игроки «Бухары» на крупных международных турнирах
Указаны игроки «Бухары», которые на момент проведения турниров являлись действующими членами клуба.