28 июня 2005 года окончил вечернее отделение Дипломатической академии МИД России по специальности «Международные отношения», тема диплома — «Космическая дипломатия и международное право».
С 1996 года по 1998 год — помощник Президента Российской Федерации.
В 1994—1996 годах и 1996—1997 годах руководил Комиссией по высшим воинским должностям, высшим воинским званиям и высшим специальным званиям Совета по кадровой политике при Президенте Российской Федерации (до её упразднения; в перерыве этот пост занимал А. И. Лебедь).
На июль 1998 года являлся штатным профессором МФТИ (политико-правовой анализ с элементами математического моделирования политических процессов) и факультета журналистики МГУ (политико-правовой анализ в СМИ, проблемы науки и журналистики, космическая журналистика), а также заведующим кафедрой компьютерного права МИФИ.
До июня 1997 года преподавал в МГИМО, но временно прервал преподавательскую работу на период подготовки к космическому полету.
С 1 июня 2000 года — заместитель командира отряда космонавтов РГНИИ ЦПК им. Ю. А. Гагарина по научно-исследовательской и испытательной работе. Это первый случай назначения гражданского лица на административную должность в военном отряде космонавтов, каковым является отряд ЦПК. Именно поэтому для согласования кандидатуры Ю. Батурина в Министерстве обороны и в Росавиакосмосе понадобилось более полугода[9].
С 28 декабря 2008 года — член Научного совета при Совете Безопасности Российской Федерации[10]. Председатель Научного совета РАН по выставкам. Является председателем правления Центра антикоррупционных исследований и инициатив «Трансперенси Интернешнл — Р»[11].
С 28 апреля 2001 года по 6 мая 2001 года в качестве бортинженера в составе экипажа во главе с командиром корабля Талгатом Мусабаевым и первым космическим туристом Деннисом Тито.
Провёл на орбитальных станциях, а также на борту транспортных космических кораблей ряд научных экспериментов, в том числе участвовал в российско-германском космическом проекте «Плазменный кристалл», эксперименты по которому продолжал во втором космическом полете.
Во втором космическом полете (2001, МКС) при проведении эксперимента «Плазменный кристалл» ему довелось открыть эффект, который немецкие физики из Института внеземной физики Общества Макса Планка назвали «эффектом Батурина»[14][15].
Герой Российской Федерации (28 сентября 2001 года) — за мужество и героизм, проявленные при осуществлении международного космического полёта[16]
Орден Мужества (25 декабря 1998 года) — за мужество и самоотверженность, проявленные во время космического полёта на орбитальном научно-исследовательском комплексе «Мир»[17]
Медаль «За заслуги в освоении космоса» (12 апреля 2011 года) — за большие заслуги в области исследования, освоения и использования космического пространства, многолетнюю добросовестную работу, активную общественную деятельность[18]
Лётчик-космонавт Российской Федерации (25 декабря 1998 года) — за мужество и самоотверженность, проявленные во время космического полёта на орбитальном научно-исследовательском комплексе «Мир»[17]
Благодарность Президента Российской Федерации (11 марта 1997 года) — за активное участие в подготовке Послания Президента Российской Федерации Федеральному Собранию 1997 года[20]
Орден Достык (Дружба) (Казахстан, 11 ноября 1998 года) — за большие заслуги в освоении космического пространства, успешное выполнение международных и казахстанской программ полёта на орбитальном комплексе «Мир», проявленные при этом мужество и отвагу[22]
Орден «Барыс» (Барс) I степени (Казахстан, 10 декабря 2001 года) — за заслуги перед государством, значительный вклад в социально-экономическое и культурное развитие страны, а также в связи с 10-летием независимости республики[23][24]
Лауреат премии книжно-журнального издательства «Граница» Пограничной службы ФСБ России «Золотое перо границы» с вручением диплома и нагрудного знака в номинации «Художественная литература» (2005 год)[26]
Автор книг по политологии, праву, кибернетике и более двух сотен научных статей. Автор книги о своём отце «Досье разведчика» (Молодая гвардия, 2005 год) и соавтор книги «Мировая пилотируемая космонавтика» (2005 год).
Некоторые публикации:
Социалистическое правовое государство: от идеи к осуществлению: Политико-правовой взгляд. М., 1989 (в соавторстве с Р. З. Лившицем).
Компьютерное право: краткий реестр проблем // Советское государство и право. 1989. № 8. С. 70-71.
Политический осциллятор: «Новый Карфаген» против гласности. (Из российской истории.) // Политические институты и обновление общества. М., 1989. С. 168—184.
Человек в мире компьютеров. М., 1990.
Компьютерная преступность и компьютерная безопасность. М., 1991 (в соавторстве с А. М. Жодзишским).
Проблемы компьютерного права. М., Юридическая литература, 1991. — 272 с.
Исследование функционального состояния зрительной системы космонавта методом «Цветовая кампиметрия» // Военно-медицинский журнал. 1999. Т. 2. С. 56-63 (в соавторстве с 10. А. Б. Прокофьевым, В. А. Росляковым, Л. И. Нестерюком).
Телекоммуникации и право: попытка согласования // Телекоммуникации и право: вопросы стратегии. М., 2000.
Эпоха Ельцина: Очерки политической истории. М., Вагриус, 2001 (в соавторстве с А. Л. Ильиным, В. Ф. Кадацким и др.).
Батурин Ю. М. Досье разведчика: Опыт реконструкции судьбы / Предисл. В. И. Трубникова. — М.: Молодая гвардия, 2005. — 650 с. — ((Дело №…)). — ISBN 5-235-02771-X.
Конституционные этюды. — М.: Институт права и публичной политики, 2008 — 82 с., ил. — 1 000 экз.
Повседневная жизнь российских космонавтов. — М.: Молодая гвардия, 2011—352 с., 4 000 экз.
Властелины бесконечности. Космонавт о профессии и судьбе. — М.: Альпина Паблишер, 2018. — 676 с.
↑«Именное оружие из рук Павла Грачева получили многие штатские. Так, пистолетом ПСМ награждены и ярый охотник, тогдашний грозный премьер Виктор Черномырдин, и на вид такие мирные политики, как Иван Рыбкин, Сергей Филатов, Юрий Батурин» Как раздаривали пистолетыАрхивная копия от 24 октября 2021 на Wayback Machine // «Аргументы и факты», № 28 от 8 июля 1998
И. А. Маринин, С. Х. Шамсутдинов, А. В. Глушко (составители). Советские и российские космонавты. 1960—2000 / Под редакцией Ю. М. Батурина. — М.: ООО Информационно-издательский дом «Новости космонавтики», 2001. — ISBN 5-93345-003-0.