В марте 2021 года было объявлено, что на базе футбольного клуба «Балтика» и Балтийского федерального университета имени Канта будет создана профессиональная команда. По словам ректора БФУ Александра Фёдорова — это имиджевый и социальный проект, в основе которого — студенты университета. Бюджет клуба был заявлен в размере 20 миллионов рублей, частично — от БФУ, частично — от внебюджетных источников ФК «Балтика»[1].
Главным тренером стал Александр Грищенко[6], а домашней ареной — стадион «Балтика»[1].
Первый официальный матч команда провела 18 июля 2021 года, в первом туре первенства группы 2 второго дивизиона ФНЛ уступив в гостях петербургской «Звезде» (1:2)[7]. Первая победа случилась в третьем туре, команда на своём поле обыграла московский «Кайрат» (2:1)[8]. Сезон 2021/22 «Балтика-БФУ» завершила в подгруппе команд, борющихся за выживание. Во втором сезоне вошла в десятку лучших команд группы[9].
Достижения
Самые крупные победы:
«Балтика-БФУ» — «Электрон» 3:0[10] (18 сентября 2022 года)
«Балтика-БФУ» — «Енисей-2» 4:1[11] (15 октября 2022 года)
Самое крупное поражение:
«Балтика-БФУ» — «Звезда» 0:5[12] (17 сентября 2023 года)