В 2008 году после роспуска главного футбольного клуба Иркутска «Звезды» общественность и чиновники города стали искать способы возродить местный футбол. В 2009 году было принято решение создать новый футбольный клуб, не имеющий никаких общих связей с предшественником. Инициатором идеи был Валерий Труфанов, он же будущий президент клуба. Спонсором и владельцем команды стала группа компаний «Радиан». Основу команды составили молодые игроки из дубля «Звезды». Управлять командой взялись иркутские тренеры Олег Яковлев и Вячеслав Рудаков. Перед командой поставили задачи выйти во второй дивизион с 1-го места и завоевать кубок Сибири.
Первый официальный матч в рамках ЛФЛ состоялся 8 мая 2009 года в Иркутске с барнаульским «Полимером». В сезоне 2009 «Радиан-Байкал» занял 2-е место в зональном турнире ЛФЛ, стал финалистом Кубка Сибири, занял 3-е место в финальном турнире Кубка ЛФК.
ПФЛ
26 февраля 2010 года «Радиан-Байкал» прошёл аттестацию в ПФЛ. 18 марта 2010 клуб был официально принят в состав ПФЛ[2]. Сезон 2010 года в зоне «Восток» команда окончила на 2-м месте.
Перед сезоном 2012/13 клуб был переименован в «Байкал»[3].
С начала сезона 2013/14 команду возглавил Сергей Горлукович, с которым «Байкал» в 16 матчах набрал 22 очка и перед зимним перерывом занимал 7 место. По личным обстоятельствам Горлукович был вынужден оставить пост главного тренера. Новым главным тренером стал Александр Алфёров. 20 ноября 2013 года с ним был подписан контракт, действующий до окончания текущего сезона.
По итогам сезона 2013/14 «Байкал» занял пятое место в зоне «Восток». Контракт с главным тренером был продлён ещё на два сезона и поставлена задача выхода в ФНЛ.
Осеннюю часть сезона 2014/15 «Байкал» завершил лидером. Но зимой команду покинули опытные игроки — Алексей Некрасов, Иван Лесков и Иван Старков. Перед решающим выездом по маршруту Комсомольск-на-Амуре — Якутск с поста главного тренера был отстранен Александр Алфёров и команду готовил его помощник Александр Дереповский и вот 1 июня 2015 года ФК «Байкал», победив в Комсомольске местную «Смену» 1:0 (мяч забил Алексей Ющук), завоевал 1-е место и получил путёвку в ФНЛ[4].
ФНЛ
16 июня 2015 года команда получила необходимую лицензию для участия в ФНЛ и озвучила имя нового главного тренера — Константин Дзуцев. Вместе с главным тренером в команду пришли и ведущие игроки новокузнецкого «Металлурга» — защитник Роман Ткачук, хавбеки Сергей Нарылков, Антон Киселев (лучший игрок 2-го дивизиона зоны «Восток» минувшего сезона), а также Давид Мильдзихов. Помимо них в команду пришли вратарь Михаил Бородько из красноярского «Енисея», защитники Денис Кириленко из астраханского «Волгаря» и Владимир Кулешов из «Тюмени», а также нападающий Дмитрий Ахба из «Волгаря». Покинули команду Алексей Сабанов, Николай Шиков и Илья Изотов, переведены в команду «Байкал»-М вратарь Евгений Ставер, защитник Артур Копытин, полузащитник Андрей Афер, нападающий Вадим Богданов. «Байкал» начал сезон с пяти поражений кряду. Позже команду пополнили нападающий Дмитрий Кортава из липецкого «Металлурга», а также защитники Дмитрий Яшин из «Терека» и Михаил Меркулов из «Урала», в свою очередь по решению тренера Дзуцева были отзаявлены иркутяне Дмитрий Галин, Виктор Утюжников и Иван Хлебородов. Перед самым закрытием трансферного окна команду пополнил свободный агент нападающий Азамат Гонежуков. Первую победу в ФНЛ «Байкал» одержал над астраханским «Волгарём» 3:2 дома.
27 августа 2015 «Байкал» в 1/32 Кубка России обыграл «Томь» со счётом 3:2. Голами отметились Авагимян, Майборода и Ющук. В 1/16 «Байкал» сыграл главный матч в своей истории против ЦСКА, проиграв столичному клубу в дополнительное время 1:2. Во время матча на стадионе присутствовало 12 тысяч зрителей.
В зимний перерыв клуб остался без финансирования, стоял вопрос о снятии с первенства ФНЛ, в последний момент деньги были найдены, но клуб покинули все ведущие игроки. В весенней части «Байкал» провел 14 игр, в которых одержал одну победу, свёл один матч вничью и проиграл 12 игр. По итогам сезона команда заняла 19-е место в первенстве из 20 и вернулась во второй дивизион. 8 апреля 2017 года РФС исключил ФК «Байкал» из своих рядов[5]. Место «Байкала» в сезоне 2016/2017 занял Зенит.
Третий дивизион
В мае 2017 года команда приняла участие в Кубке Сибири среди любительских команд[6], а также была заявлена в первенство России среди любительских футбольных команд первой лиги зоны «Сибирь»[7]. С 2017 года команда продолжила выступление в первенство России среди любительских футбольных команд первой лиги зоны «Сибирь». В 2019 и 2021 годах, команда выходила в финальный этап. В сезоне 2021 «Байкал» дошёл до финала Кубка Сибири, где проиграл барнаульскому «Темпу».
В 2022 году команда также заявилась на первенство России среди любителей зоны «Сибирь» и «Дальний восток», где в первом матче встретилась в Иркутском дерби с футбольным клубом «Иркутск».
↑В финальном этапе учитывалась часть матчей первого этапа (с командами своей группы). Приведены показатели в сыгранных матчах (включая техническую победу со счётом 3:0 на первом этапе).
И — игры, В — выигрыши, Н — ничьи, П — проигрыши, Голы — забитые и пропущенные голы, О — очки.
↑Стадион «Локомотив» (неопр.). Официальный сайт футбольного клуба «Байкал». Дата обращения: 30 июня 2015. Архивировано из оригинала 6 августа 2015 года.
Андрей Синьков.ФК «Байкал» не поедет на кубок ФНЛ на Кипр. Нашу команду покинули практически все приезжие футболисты (неопр.). Комсомольская правда — Иркутск (8 февраля 2016). Дата обращения: 6 февраля 2016. Архивировано 5 марта 2016 года.