Основные работы посвящены изучению моторики пищеварительного тракта, общей физиологии нервной системы, химическим факторам возбуждения, механизмам мышечного сокращения, нервной регуляции и ионным механизмам автоматии сердца, обмену веществ миокарда в разные фазы сердечного цикла, медицинской электронике и кибернетике, истории физиологии человека и животных.
Был крупнейшим советским специалистом в области эндорадиозондирования — разработке и медицинском применении радиокапсул, измеряющих во время прохождения через желудок и кишечник человека и передающих на автономный приёмник значения кислотности желудочно-кишечного тракта, давления и температуры.
К вопросу о механизме рефлекторного рвотного акта. — М.: Гос. ин-т нар. здравоохранения им. Пастера, 1927. — [11] с. : граф.
Курс нормальной физиологии : Учебник для студентов мед. институтов / Е. Б. Бабский, Н. К. Верещагин, А. А. Зубков, Н. И. Проппер-Гращенков, Н. В. Тимофеев ; Под ред. проф. Е. Б. Бабского. — Москва ; Ленинград : Медгиз, 1938. — 684 с., 5 вкл. л. ил.
2-е изд., перер. — Москва ; Ленинград : Медгиз, 1940. — 488 с., 3 вкл. л. ил. и схем.
3-е изд. — М., 1947.
И. П. Павлов. 1849—1936. — Москва : изд-во и тип. Гос. изд-ва мед. лит., 1949. — 108 с., 1 л. портр. — (Выдающиеся деятели отечественной медицины).
И. П. Павлов : Жизнь и деятельность. — 2-е изд., расшир. — Москва : Учпедгиз, 1959. — 159 с., 1 л. портр.: ил.
Основоположник ионной теории возбуждения Василий Юрьевич Чаговец / Акад. наук УССР Е. Б. Бабский. — М.: Знание, 1956. — 40 с. — (Серия 3/ Всесоюз. о-во по распространению полит. и науч. знаний; № 47).
Электрическая стимуляция сердца / Е. Б. Бабский, Л. С. Ульянинский ; Акад. наук СССР. Ин-т биофизики. — М. : Изд-во Акад. наук СССР, 1961. — 160 с.
Динамокардиография / Е. Б. Бабский, В. Л. Карпман. — М.: Медгиз, 1963. — 168 с. — (Библиотека практического врача).
Главные направления и ближайшие перспективы применения современной техники в медицине: Расшир. текст доклада на Сессии Акад. мед. наук СССР / Акад. Е. Б. Бабский, действ. чл. Акад. мед. наук СССР В. В. Парин. — [Москва], [1963]. — 95 с.
Физиология, медицина и технический прогресс / Е. Б. Бабский, В. В. Парин ; Акад. наук СССР. Науч. совет по кибернетике. — Москва : Наука, 1965. 139 с., 1 л. ил.
Приборы эндорадиозондирования: Основы конструирования. Техника применения / Е. Б. Бабский, А. М. Сорин, С. Н. Давыдов ; АН СССР, Науч. совет по комплексной проблеме «Кибернетика». — М.: Наука, 1975. — 175 с. : ил.
Избранные труды. — Киев: Наук. думка, 1977. — 463 с., 1 л. портр. : ил.