По окончании богословского факультета подал прошение на имя Священного синода Сербской православной церкви о разрешении продолжить образование в Греции и в феврале 1964 года был направлен патриархом Германом в Богословскую академию на острове Халки (Турция). В Халкинской академии иеромонах Афанасий пробыл до июня 1964 года, после чего переехал в Грецию.
2 июня 1967 года на богословском факультете Афинского университета защитил докторскую диссертацию на тему «Экклесиология апостола Павла по св. Иоанну Златоусту». После защиты диссертации провел ещё один год в Греции, служа в русском храме и занимаясь богословской деятельностью.
Осенью 1968 года отправился в Париж для дальнейшего продолжения научной работы и изучения французского языка в Свято-Сергиевском богословском институте. Спустя год пребывания во Франции назначен преподавателем курса «Введение в теологию и патрологию с аскетикой». Занимал эту должность в течение трёх лет. В последний год своего пребывания в Париже преподавал также историю Церкви византийского периода.
Летом 1972 года вернулся в Югославию. Осенью назначен управляющим дома студентов при богословском факультете. В 1973 году выбран доцентом на кафедру патрологии (церковная литература и мысль Святых Отцов Востока и Запада). Преподавал историю Церкви. Избирался деканом богословского факультета в 1980—1981 и 1990—1991 учебных годах. Во время работы на факультете опубликовал около сотни научных работ. Тогда же начал издаваться его труд «Патрология».
Известность получили его публикации в печати, особенно в печатном органе Сербской церкви «Православие», где он был одним из главных авторов. Уделял особое внимание положению Сербской церкви и сербского народа в Косове и Метохии и других областях СФРЮ. Принимал активное участие в сборе и подготовке исторических документов о сербских новомучениках.
7 июля 1991 года возведён в сан епископа Банатского.
В мае 1992 года назначен на Захолмско-Герцеговинскую кафедру (Босния и Герцеговина).
Во время войны владыка Афанасий не покидал свою паству. Неоднократно выступал с критикой политики Запада, США и исламского мира в конфликте на территории бывшей Югославии. Обращался с открытыми письмами к мировым политическим лидерам.
3 декабря 1996 года получил тяжёлую травму позвоночника, после чего подал прошение об увольнении на покой, которое было удовлетворено Священным архиерейским синодом в сентябре 1999 года. На его место был назначен епископ Григорий (Дурич). При этом сам епископ Афанасий остался на покое в монастыре Тврдош под Требине.
13 февраля 2010 года назначен управляющим Рашко-Призренской и Косово-Метохийской епархией со всеми правами и обязанностями правящего архиерея, но уже 20 мая того же года освобождён от управления епархией на основании собственного прошения по состоянию здоровья.
О следовању Светим Оцима // Гласник СПЦ. — 1962. — С. 7-8 — С. 260—270.
Тајна личности човекове у личности Јована Богослова // Живо Предање у Цркви. — 1962. — C. 223—233.
Верујем у Једну, Свету, Саборну и Апостолску Цркву. О мерилу Ортодоксије // Гласник СПЦ. — 1963. — № 6. — С. 232—242
Божанска Литургија Св. Јована Златоуста и Св. Василија Великог — по старом српском (из 15. века) и нашем савременом Служебнику // Христос Нова Пасха IV. — 1963. — C. 581—589.
Δόγμα καὶ ἦθος εἰς τὴν Ὀρθόδοξον Παράδοσιν («Dogma i moral u Pravoslavnom Predawu») // Θεολογία. — 1968. — № 1. — C. 3-19.
L’Eglise, Orthodoxie et Eucharistie chez St. Irénée de Lyon // Parol et Pain (Paris), 1971. — № 46.
Црква, Православље и Евхаристија код Св. Иринеја Лионског // Теолошки погледи. 1972. — № 2. — C. 40-71
Неколико речи о православној побожности // Календар Свечаник, Минхен 1971. — C. 48-53;
Учение о Пресвятой Богородице у св. Иоанна Дамаскина // Православная мысль: Труды Православного богословского института в Париже. — Париж : YMCA-PRESS. 1971. — № 2. — C. 40-71.
Учение о Пресвятой Богородице у св. Иоанна Дамаскина // Всесвятая. Москва. 2001. — С. 173—210;
Учение о Пресвятой Богородице у св. Иоанна Дамаскина // Хрестоматия по сравнительному богословию. — Московское Подворье Свято-Троицкой Сергиевской Лавры, Москва 2005. — С. 641—671.
Μαρτυρία ορθοδοξίας, Δοκίμια. — Βιβλιοπωλείον της Εστίας. 1971.
Несколько слов о православном благочестии // Вестник русского христианского движения. — 1971. — № 100 (II). — С. 64-68.
«Приступит человек, и сердце глубоко» // Альфа и Омега. — 2002. — № 2 (32). — С. 124—134.
Каппадокийские отцы // Альфа и Омега. 2003. — № 2 (36). — С. 138—151
Учение о Пресвятой Богородице у св. Иоанна Дамаскина (О православной феотокологии) // Хрестоматия по сравнительному богословию: учебное пособие для III курса Духовной семинарии. — М. : Издательство подворья Свято-Троицкой Сергиевой Лавры, 2005. — 847 с. — ISBN 5-7789-0166-6. — С. 641—671
Пролегомены к исихастской гносеологии // Богословские труды. — 2005. — № 40. — С. 74-121.
Эсхатология в нашей повседневной жизни // Православие в современном мире. — СПб. : Алетейя, 2005. — 204 с. — С. 52-61.
Евхаристия в творениях мужей апостольских, мч. Иустина Философа и сщмч. Иринея Лионского // Православное учение о Церковных Таинствах: V Международная богословская конференция Русской православной церкви (Москва, 13-16 ноября 2007 г.). — Т. 2 : Евхаристия: богословие. Священство. — М. : Синодальная библейско-богословская комиссия, 2009. — 446 с. — С. 28-39
Покаяние, исповедь и пост: их значение для православного христианина // Советы идущему на исповедь : [сборник статей]. — Минск : Свято-Елисаветинский монастырь, 2011. — 61 с.
Хлеб богословия. — М. : Издательство Сретенского монастыря, 2004. — 112 с.
Жизнь во Христе: Христианская нравственность, аскетическое предание Церкви и вызовы современной эпохи : VI Международная Богословская Конференция Русской Православной Церкви (Москва, 15 — 18 ноября 2010 г.). — М. : Синодальная библейско-богословская комиссия, 2012. — 830 с. — ISBN 978-5-98604-311-1