С августа 1915 — на фронтах Первой мировой войны; под Лодзью в декабре 1914 попал в плен, находился в немецких концентрационных лагерях Кутно, Торн, Александровка[4][5][9]. В декабре 1915 года при содействии Международного Красного Креста по обмену военнопленных через Швецию вернулся в Петербург[4].
С января 1916 года служил ординатором 130-го сводного эвакуационного госпиталя, с февраля — заведующим санитарной частью Ташкентской дисциплинарной роты, Ташкентской караульной команды и Туркестанских нештатных батарей, с апреля 1916 по февраль 1917 — старшим врачом Ташкентской дружины государственного ополчения[5].
В 1917 состоял членом Бухарского областного, Ташкентского областного, Ташкентского краевого Советов рабочих и солдатских депутатов[3][8][9], членом Президиума и председателем исполкома Ташкентского совета мусульманских рабочих депутатов[5]. В феврале участвовал в работе (был членом президиума) І Чрезвычайного съезда рабочих, солдатских и дехканских депутатов мусульман Туркестана (Коканд)[5]. В 1918—1919 годы служил в РККА[9]; в 1918 участвовал в борьбе против эмира бухарского, состоял членом Центральной комиссии по борьбе с голодом; в 1919 году служил военным врачом Черняевского (1-го Чимкентского советского) полка[5]. В мае 1919 года вступил в члены РКП(б)[5][9].
В 1928—1931 годы — ректор Казахского педагогического института (Казахского государственного университета)[13]; заведующий кафедрой истории Казахского пединститута[5][7]. Одновременно являлся членом коллегии Народного комиссариата просвещения Казакской АССР (с 19 июня 1929), член коллегии Отдела агитации, пропаганды и печати Казакского краевого комитета ВКП(б) (с 22 сентября 1929), председателем Центрального бюро краеведения Казакской АССР (с 1930)[5][9].
С апреля 1933 — заместитель председателя Казахстанской базы (Казахского филиала) Академии наук СССР; одновременно — руководитель историко-археографической комиссии Казахского филиала АН СССР (1936—1937), заведующий сектором истории Казахского НИИ национальной культуры; заместитель народного комиссара просвещения Казакской АССР, начальник управления университетов, науки и библиотек Казахстана (ноябрь 1933 — 25.6.1934)[5][7][8][9]. Вместе с Сакеном Сейфуллиным, Сейткали Мендешевым, Беймбетом Майлиным, Султанмахмутом Торайгыровым в годы работы Казахском научно-исследовательским институте национальной культуры, в независимые годы переименованный как Казахский научно-исследовательский институт культуры, С. Асфендиаров в первые годы работы в Институте проделали значительный объём работы по сбору казахского фольклора, истории, этнографии казахов, систематизации полученных данных, формированию научно-теоретического и публицистического базиса, который стал опорой для стремительного роста казахского патриотизма.
Арестован 22 августа 1937 года. 27 сентября 1937 года решением бюро Алма-Атинского горкома исключён из партии «как контрреволюционер-националист и арестован органами НКВД»[14]. Выездной сессией Военной коллегии Верховного суда СССР в Алма-Ате 25 февраля 1938 года по ст. 58-1а-2-8-9-11УК РСФСР приговорён к высшей мере наказания. Расстрелян в окрестностях Алма-Аты, в селе Жаналык в тот же день[5][7].
Отец — Сейтжафар (Саид Джафар, Джафар) Асфендиаров (1845, Уральская область — 1928, Ташкент, Узбекская ССР), военный переводчик при туркестанском генерал-губернаторе, генерал-майор, кавалер бухарского ордена Золотой звезды 1-й степени[4].
Мать — Гуландам Кошкарбаевна Касымова, потомок хана Абылай хана, внучка Касыма Абылайханова[4].
Старшие братья — Сейд Абулхаир, Нуреддин, младший брат — Мансур.
Старшие сёстры — Фатима, Айша, Гульсум (1880—1937) и Анель (1899, Ташкент, Туркестанское генерал-губернаторство — 1961, Ленинград, СССР) (жена генерал-майора медицинской службы Н. Рагозы). Гульсум как раз заканчивала обучение в Женском медицинском институте, когда к ней в Санкт-Петербург приехал юный Санжар. Санжар «хотел поступить в университет, однако, из-за некоторых неурядиц, оказался в числе курсантов Военно-медицинской академии»[16]. Гульсум Асфендиарова, «первая врач-казашка», стала надёжным соратником Санджара в бурные годы становления Советской власти в Туркестане.
Жена (с 1916) — Рабига Сералиевна (1893, Самарканд —1954, Ташкент), дочь С. М. Лапина (1868—1919), лидера партии «Шура Улема», востоковеда, тюрколога[17]. Была репрессирована в 1938, провела несколько лет в Акмолинском лагере жён изменников Родины, освобождена в 1943 году. Реабилитирована 31 марта 1958 года решением военного Трибунала Туркестанского военного округа[14].
Асфендиаров С. Д. Ислам и кочевое хозяйство // Атеист. — 1930. — № 58. — С. 3-18.
Асфендиаров С. Д. Историческое прошлое Казахстана // Казахстан. — М., 1936. — С. 61-84.
Асфендиаров С. Д. История Казахстана (с древнейших времён). — Алма-Ата; М.: Казах. краев. издательство, 1935. — Т. 1. — 259+5 с.
Асфендиаров С. Д. История национально-революционных движений на Востоке: (Задание 1). — [Кзыл-Орда]: Казак. гос. издательство, 1932. — (Заочный педагогический институт / Заоч. сектор при Казак. педагогическом институте; 2 курс)
— [Алма-Ата] : Б. и., [1932]. — (Заочный педагогический институт / Историко-экономическое отделение; 2 курс)
Асфендиаров С. Д. История национально-революционных движений на Востоке: Задание 2. — [1932]. — 23 с.
Асфендиаров С. Д. Материалы к изучению истории Востока. — Самарканд; Ташкент: Узбекское Гос. издательство, 1928. — Ч. 1: Причины возникновения ислама. — 70 с.
Асфендиаров С. Д. Национально-освободительное восстание 1916 года в Казахстане. — Алма-Ата ; М.: Казах. краев. изд-во, 1936. — 150+2 с.
Асфендиаров С. Д. О казахском эпосе // Труды Казахского НИИ национальной культуры. — Алма-Ата, 1935. — Вып. 1. — С. 132—151.
Асфендиаров С. Д. О некоторых основных вопросах истории казахов // Большевик Казахстана. — 1933. — № 10. — С. 29-38.
Асфендиаров С. Д. Очерки истории казахов. — Кзыл-Орда, 1935. (казах.)
Асфендиаров С. Д. Проблема нации и новое учение о языке // НВ. — 1928. — № 22. — С. 169—183.
Дембо Г. И. Подвижные обследовательски-лечебные отряды и их значение в организации медпомощи сельскому населению в Средней Азии : (По данным работы отрядов в Туркестане в 1924 г.) / Под ред. и с предисл. С. Д. Асфендиарова. — Ташкент: Наркомздравы Узб. и Кирг. республик, 1925. — 89 с.
Дембо Г. И. Санитарно-лечебное дело в Туркреспублике и план его развития / Под ред. [и с предисл.] Нар. ком. здрав. Туркреспублики С. Д. Асфендиарова. — Ташкент: Туркнаркомздрав, 1924. — 6+112+56 с.
Дембо Л. И. Систематический справочник по организации медико-санитарного дела Р.С.Ф.С.Р. и Т.С.С.Р. / С предисловием наркома здравоохранения ТССР С. Д. Асфендиарова. — Ташкент: Дом сан. просвещения, 1924. — 68 с.
Малярия в Средней Азии. — [Ташкент]: Наркомздрав Узбекистана, 1925. — Вып.1: Доклады на III Всетуркестанском противомалярийном совещании / Под ред. проф. А. Д. Грекова и Г. И. Дембо с предисл. наркома здравоохранения С. Д. Асфендиарова. — 4+92 с.
Прошлое Казахстана в источниках и материалах / Под ред. проф. С. Д. Асфендиарова. — Алма-Ата ; М.: Казахстан. краев. изд-во, 1936.
Сб. 1: V в. до н. э. — XVIII в. н. э. / Под ред. проф. С. Д. Асфендиарова и П. А. Кунте. — 1935.
Сб. 2: 2 половина XVIII столетия до 1860-70 гг. — 1936. — 293+2 с.
↑Ректоры КазНПУ им. Абая (неопр.). Казахский национальный педагогический университет имени Абая. Дата обращения: 10 ноября 2016. Архивировано 14 ноября 2016 года.
↑Репрессированные профессора. Асфендиаров Санджар Джафарович, 1889 г.р (неопр.). Институт истории естествознания и техники им. С. И. Вавилова. Дата обращения: 12 ноября 2016. Архивировано 15 ноября 2016 года.
Санджар Джафарович Асфендиаров / АН КазССР; [Сост. Р. Б. Сулейменов, Х. М. Абжанов[каз.]; Отв. ред. акад. АН КазССР Р. Б. Сулейменов]. — Алма-Ата : Наука КазССР, 1989. — 58 с. — (Материалы к биобиблиографии учёных Казахстана). — 700 экз. — ISBN 5-628-00900-8
Санжар Джафарович Асфендиаров: (Сб. науч. ст.). — Алма-Ата: КазПИ имени Абая, 1990.
Джунисбаев А. А. Военно-медицинская служба С. Д. Асфендиарова (1912—1916 гг.) // Концептуальные проблемы истории Центральной Азии и Европы в свете интеграции и модернизации: Матер. междунар. науч.-теор. конф. — Алматы: Қазақ университеті, 2010. — 320—323 бб.
Жүнісбаев А. Санжар Асфендиаров: өмірі мен қызметі (1889—1938 жж.). — Алматы: «Елтаным баспасы», 2014. — Т. 1: (1889—1918). — 256 б.
Жүнісбаев А. Ә. Санжар Асфендиаров — қазақ ұлт-азаттық қозғалысының қайраткері (= Санжар Асфендиаров — видный деятель казахского национально-освободительного движения) // История национально-освободительных движений: путь к независимости: Матер. Респ. науч.-теор. конф. — Алматы: КазНПУ им. Абая, 2011. — 310—321 бб.
Жүнісбаев А. Ә. Санжар Асфендиаров — Мәскеу Шығыстану институтының ректоры (1927—1928 жж.) (= Санжар Асфендиаров — ректор Московского института востоковедения (1927—1928) // «Ғылыми қазына» және Отан тарихы: жас ғалымдар үлесі" атты жас тарихшы ғалымдардың IV Халықаралық ғылыми-тәжірибелік конференция материалдары. 21 мамыр 2013 ж. / ред. Х. М. Әбжанов[каз.], Д. А. Рахымқұлов. — Алматы: Елтаным баспасы, 2013. — 50-58 бб.
Жүнісбаев А. Ә. Санжар Асфендиаров — әскери дәрігер (= Санжар Асфендиаров — военный врач) // Қоғам және дәуір. — 2011. — № 4. — 128—144 бб.
Жүнісбаев А. Ә. Санжар Асфендиаров — Түркістан Республикасының Денсаулық сақтау халық комиссары (Санжар Асфендиаров — Народный комиссар здравоохранения Туркестанской Республики) // «Садықов оқулары» халықаралық ғылыми-теориялық конференциясының материалдары. — Алматы: Абай атындағы ҚазҰПУ, 2010. — 185—188 бб.
Жүнісбаев А. Ә. Санжар Асфендиаровтың ағалары мен әпкелерінің өмірі туралы (= О жизни братьев и сестёр Санжара Асфендиарова) // Қоғам және дәуір: Ғылыми-сараптамалық журнал. — Алматы, 2011.— № 1. — 115—125 бб.
Жүнісбаев А. Ә. Сейітжапар Асфендиарұлының өмірі мен қызмет жолы (= Жизнь и деятельность Сейтджапара Асфендиарова) // — Қазақстан мұрағаттары. — Астана, 2011. — № 1 (17). — 115—122 бб.
Жүнісбаев А. Ә. Сүйік Әлі және Асфендиар сұлтандар: (Санжар Асфендиаровтың аталары туралы) (= Султаны Суюк Али и Асфендиар: О предках Санжара Асфендиарова) // Қазақстан мұрағаттары. — 2012. — № 1. — 15-23 бб.
Жүнісбаев А. Ә. Ұлттық-мемлекеттік межелеу барысында Санжар Асфендиаровтың қазақ жерінің тұтастығын қалпына келтіру жолындағы қызметі // Қазақстан мұрағаттары. — 2013. — № 3. — 39-51 бб.
Джунисбаев А. А. Ученические и студенческие годы С. Д. Асфендиарова (1889—1912 гг.) // Проблемы современной исторической науки: новые направления и подходы: Матер. междунар. «Бекмахановских чтений». — Алматы: Қазақ университеті, 2010. — 147—151 бб.
Джунисбаев А. А. Формирование С. Д. Асфендиарова как общественного и государственного деятеля (1889—1917 гг.) // Көрнекті мемлекет және қоғам қайраткері, Абай атындағы ҚазҰПУ-дың тұңғыш ректоры Санжар Жафарұлы Асфендиаровтың 120 жыл толуына арналған ғылыми конференцияның материалдары, 17 қараша, 2009 жыл. — Алматы: Абай ат. ҚазҰПУ, 2010. — 62-72 бб.
Камалиев М. А. С. Д. Асфендияров: жизнь — подвиг (К 125-летию со дня рождения) // Вестник КазНМУ. — 2014. — № 2(4). — С. 226—229.
Қоңыратбаев О. М., Жүнісбаев А. Ә. Мұсылман Бюросы — егемендік идеясының жаршысы (1919—1920) (= Мусульманское бюро — проводник идеи суверенитета). — Алматы: Уатханов баспасы, 2011. — 246 б.
Қоңыратбаев О. М., Жүрсінбаев Б. А., Жүнісбаев А. Ә. Мені таңғалдырған тұлғалар (= Личности, которые меня поразили. Учебное пособие): Ахмет Байтұрсынов (1872—1938 жж.), Санжар Асфендиаров (1889—1938 жж.), Тұрар Рысқұлов (1894—1938 жж.). — Алматы: Нұр-Принт75, 2011. — 328 б.
Асфендияров Санджар Джафарович (неопр.). Справочник по истории Коммунистической партии и Советского Союза 1898—1991. Дата обращения: 11 ноября 2016. Архивировано 14 ноября 2016 года.
Асфендиаров, Санджар Джафарович (неопр.). Выпускники Военно-медицинской академии. Дата обращения: 10 ноября 2016. Архивировано из оригинала 14 ноября 2016 года.