В 1527 году Римский папаКлимент VII учредил епархию Гондураса, которая распространяла свою юрисдикцию на всю территорию современной страны. В этот же день епархия Гондураса вошла в митрополию Севильи.
5 сентября 1531 года кафедра епархии была размещена в городе Трухильо и епархия Гондураса была переименована в епархию Трухильо.
2 февраля 1916 года епархия Камаягуа передала часть своей территории для возведения новым апостольским викариатам Сан-Педро-Сулы (сегодня — Епархия Сан-Педро-Сулы) и Санта-Роса-де-Копана (сегодня — Епархия Санта-Роса-де-Копана). В этот же день епархия Камаягуа была преобразована в архиепархию Тегусигальпы с центром в городе Тегусигальпа.
6 марта 1949 года, 13 марта 1963 года, 8 сентября 1964 года и 19 сентября 2005 года архиепархия Тегусигальпы передала часть своей территории для возведения новых территориальной прелатуры Непорочного Зачатия Пресвятой Девы Марии (сегодня — Епархия Хутикальпы), епархии Комаягуа, территориальной прелатуры Чолутеки (сегодня — Епархия Чолутеки) и епархии Йоро.
