Амплификация, опосредованная никирующим ферментом

Амплификация, опосредованная никирующим ферментом[1] (англ. Nicking enzyme amplification reaction, NEAR) — это метод амплификации ДНК in vitro, подобный полимеразной цепной реакции (ПЦР). Репликация ДНК происходит при постоянной температуре с использованием полимеразы (и фермента никирования) для экспоненциальной амплификации ДНК в диапазоне температур от 55 °C до 59 °C.

Потенциальными преимуществами NEAR по сравнению с ПЦР являются повышенная скорость и более низкие затраты энергии — характеристики, общие с другими схемами изотермической амплификации[2]. Основной недостаток NEAR по сравнению с ПЦР заключается в образовании неспецифических продуктов амплификации, что является общей проблемой для реакций изотермической амплификации[3].

В реакции NEAR используются эндонуклеазы природного происхождения или сконструированные эндонуклеазы, которые вносят разрыв нити только на одной нити в месте расщепления двухцепочечной ДНК. Способность некоторых из этих ферментов катализировать изотермическую амплификацию ДНК была раскрыта, но не заявлена в патентах, выданных на сами ферменты[4][5].

Амплификация, опосредованная никирующим ферментом используется для создаются биосенсоров[6][7].

См. также

Примечания

  1. ↑ Тюменцев А. И., Тюменцева М. А., Акимкин В. Г. Система CRISPR-Cas для выявления ДНК вируса Джона Каннингема (JCPyV) в ультранизких концентрациях. Патент на изобретение. — М.: Федеральная служба по интеллектуальной собственности, 2021. — 21 с.
  2. ↑ Zanoli L., Spoto G. Isothermal amplification methods for the detection of nucleic acids in microfluidic devices (англ.) // Biosensors. — 2012. — Vol. 3, iss. 1. — P. 18–43. — ISSN 2079-6374. — doi:10.3390/bios3010018. Архивировано 12 февраля 2022 года.
  3. ↑ Eric Tan, Barbara Erwin, Shale Dames, Tanya Ferguson, Megan Buechel. Specific versus Nonspecific Isothermal DNA Amplification through Thermophilic Polymerase and Nicking Enzyme Activities (англ.) // Biochemistry. — 2008. — Vol. 47, iss. 38. — P. 9987–9999. — ISSN 1520-4995 0006-2960, 1520-4995. — doi:10.1021/bi800746p. Архивировано 12 февраля 2022 года.
  4. ↑ US Patent 6,191,267. February 20, 2001.
  5. ↑ US Patent 6,660,475. December 9, 2003
  6. ↑ Jingguo Xu, Jia Guo, Sarah Wanjiku Maina, Yumeng Yang, Yimin Hu. An aptasensor for staphylococcus aureus based on nicking enzyme amplification reaction and rolling circle amplification (англ.) // Analytical Biochemistry. — 2018. — Vol. 549. — P. 136–142. — doi:10.1016/j.ab.2018.03.013.
  7. ↑ Ruo-Nan Zhao, Li-Ping Jia, Zhe Feng, Rong-Na Ma, Wei Zhang. Ultrasensitive electrochemiluminescence aptasensor for 8-hydroxy-2′-deoxyguanosine detection based on target-induced multi-DNA release and nicking enzyme amplification strategy (англ.) // Biosensors and Bioelectronics. — 2019. — Vol. 144. — P. 111669. — doi:10.1016/j.bios.2019.111669.