Em 2011, foi emprestado para o Vila Nova, onde foi eleito revelação do Campeonato Mineiro daquele ano.[2] Retornou brevemente à equipe paulista,[3] mas logo foi novamente emprestado, desta vez para o Criciúma, até o fim da temporada.[4]
Retorno
Vagner retornou de empréstimo em 2012 para o Paulista, onde disputou o Campeonato Paulista e foi considerado um dos destaques do time na competição.[2] Entretanto, não teve seu contrato renovado no fim da temporada e saiu do clube sem custos.[2]
Em 2014, foi titular da campanha vitoriosa do Galo de Itu e um dos responsáveis pelo título do Campeonato Paulista daquele ano. Na final contra o Santos, Vagner pegou o pênalti do zagueiro santista Neto e coroou o time do interior como campeão paulista, fato que não acontecia desde 2002.[6][7][8]
Avaí
Valorizado por ser um dos destaques do Ituano no título,[9] Vagner rejeitou propostas de gigantes do futebol paulista como Palmeiras e São Paulo e foi anunciado, em abril de 2014, como reforço do Avaí para a disputa da Série B de 2014.[10] Sua estreia pelo time aconteceu no dia 3 de maio, num jogo contra o Vila Nova válido pela terceira rodada da Série B, quando o Avaí saiu vencedor por 1 a 0 no Estádio Serra Dourada.[11][12]
Palmeiras
Em dezembro de 2015, Vagner assinou um contrato até o fim de 2019 com o Palmeiras. O goleiro foi um dos primeiros reforços para a temporada de 2016.[13]
Entretanto, a passagem de Vagner pelo Palmeiras não foi conhecida como uma das melhores.[14] Em julho de 2016, o arqueiro titular Fernando Prass foi convocado para a Seleção olímpica do Brasil para a disputa dos Jogos Olímpicos daquele ano (e posteriormente se lesionando e ficando fora até o fim da temporada),[15] e Vagner foi relacionado como titular para a partida seguinte, contra o Atlético Mineiro.[16] Entretanto, a sua estreia foi com derrota, com o time mineiro vencendo por 1x0, em pleno Allianz Parque.[17] Na partida seguinte, contra o Botafogo, o Palmeiras novamente perdeu. Desta vez, Vagner cometeu um pênalti em cima do atacante alvinegro Vinicius Tanque, que selou a derrota palmeirense.[18]
Com a lesão de Prass e a insegurança de seu reserva, o Palmeiras não descartou a contratação de um novo goleiro, mas decidiu respaldar Vagner.[19] Em outra partida, contra a Chapecoense, Vagner falhou no gol marcado pela equipe catarinense, e demonstrou insegurança durante o jogo, que terminou empatado.[20] Tais apresentações fizeram a comissão técnica promover o então reserva Jailson para a titularidade do restante da temporada.[21] A insegurança e a pressão que pairavam sobre Vagner eram tamanhas que até quando o titular Jailson esteve suspenso em jogo contra o Santos, na reta final do campeonato, a comissão técnica resolveu dar oportunidade para o goleiro da base Vinicius Silvestre ao invés de Vagner.[22]
A última partida de Vagner pelo Palmeiras na temporada foi pela Copa do Brasil, quando o Palmeiras jogou contra o Botafogo-PB com um time reserva.[23]
Em abril de 2019, acertou empréstimo com a Chapecoense, até o final da temporada.[29] Em dezembro, seu contrato com o Palmeiras terminou,[30] mas o goleiro permaneceu em Chapecó.[31] Em novembro de 2020, seu contrato com o clube catarinense foi prorrogado até o fim de janeiro de 2021.[32]
Náutico
Em dezembro de 2022, Vagner assinou contrato com o Náutico.[33]
G Vagner • G Diego • G Ricardo Friedrich • Z Anderson Salles • Z Luizão • Z Alemão • Z Airton • Z Léo Santos • LD Alex • LD Dick • LE André Gaspar • LE Dener • V Josa • V Gercimar • V Paulinho • V Jackson Caucaia • M Elvis • M Marcinho • M Cristian • M Clayson • M Ewerton • A Claudinho • A Túlio Renan • A Marcão • A Jean Carlos • A Rafael Silva • A Marcelinho • A Esquerdinha • Treinador: Doriva