Apesar do grupo ter distribuição natural tendencialmente cosmopolita, a maioria das espécies ocorre em regiões quentes e húmidas, com centro de diversidade nas zonas tropicais. Apesar disso, existem algumas espécies que ocorrem em regiões desérticas e de alta montanha.[6]
Do ponto de vista filogenético, a ordem Selaginellales insere-se no cladeLycopodiophyta como grupo irmão da ordem Isoetales, estando os restantes taxa do agrupamento taxonómico considerados como extintos. O cladograma que se segue apresenta a estrutura do agrupamento na sua presente circunscrição e a posição de Selaginellales:[2][7]