Fundador por Horacio Pagani em 1992, o primeiro carro da marca o Zonda C12 demorou 7 anos pra ser feito, então em 1999 no salão de Genebra, foi apresentado o primeiro pagani, o carro era feito de fibra de carbono. Na primeira geração o Zonda debitava 394 CV a partir de um motor 6.0 litros V12 desenvolvido pela divisão da Mercedes-Benz.
No total, apenas cinco exemplares do Zonda C12 foram fabricados. Com as evoluções do modelo, no total foram fabricadas menos de 150 unidades do modelo, em diferentes versões do superesportivo. A produção manteve até 2011.
Pagani Zonda foi substituído pelo Pagani Huayra, a produção continua até hoje, em 2022, foi mostrado o novo modelo da Pagani, o Utopia, limitado até 99 unidades do exemplar. Equipado com o Motor de 860 CV da Mercedes-AMG, com velocidade máxima de 380 Km/h.