O museu tem origem na coleção particular de Carlos Ritter, industrial, fundador da Cervejaria Ritter e naturalista autodidata, que reuniu uma grande coleção, também confeccionou curiosos mosaicos feitos totalmente de insetos, os quais retratavam pontos turísticos de Pelotas.[1]
Coleção Entomológica, com cerca de 4500 animais pertencentes às diversas ordens da Classe Insecta;
Mosaicos Entomológicos, com três mosaicos formados por centenas de insetos que formam o desenho de fachadas de prédios históricos de Pelotas e de brasões, de autoria do próprio Carlos Ritter;
Coleção Ictiológica, não muito ampla, e que consiste em cerca de dez exemplares da região conservados em álcool, além de um cavalo-marinho e uma piranha;
Coleção Herpetológica, que consiste em uma série de répteis conservados de diversas maneiras;
Coleção Ornitológica, composta de mais ou menos 550 aves taxidermizadas, nativas ou não, representantes das várias ordens da Classe;