Fundada a 6 de maio de 1894 por iniciativa do arqueologo figueirense, António dos Santos Rocha, o museu esteve instalado na Casa do Paço até 1899, ano em que se mudou para os Paços do Concelho. O museu conheceu repercussão nacional e internacional no seu primeiro tempo áureo até à morte do seu fundador em 1910.
Sobretudo a partir de 1945, o enriquecimento das colecções - principalmente de pintura e escultura - foi tornando inevitável a criação de instalações adequadas. Construído em 1975 pela Fundação Calouste Gulbenkian e com projeto do arquiteto figueirense José Isaías Cardoso, o museu transferiu-se em 1976 para as atuais instalações próprias.[1][2]
Em 1993, o museu foi distinguido pela Associação Portuguesa de Museologia com o prémio de Melhor Museu do Ano.[3]
Encontram-se instalado no museu a Biblioteca Municipal Pedro Fernandes Tomás, o Arquivo Fotográfico Municipal, e o Auditorio Municipal, com capacidade para 226 pessoas. Nas diferentes áreas de exposições encontram-se coleções arqueológicas, esculturas religiosas, cerâmicas, mobiliário indo-português, armas históricas, numismáticas, e etnografia africana e oriental, entre outras.[5]