Margarida era filha do príncipe-eleitor Ernesto da Saxónia (1441–1486) e da sua esposa, a princesa Isabel (1443–1484), filha de Alberto III, Duque da Baviera. Os seus irmãos, Frederico, o Sábio e João, o Firme foram príncipes-eleitores da Saxónia; a sua irmã, a princesa Cristina foi rainha da Dinamarca.
Margarida casou-se a 27 de Fevereiro de 1487 em Celle com Henrique I, Duque de Brunsvique-Luneburgo. Henrique já vivia na corte da Saxónia desde os doze anos de idade. As negociações para o casamento já teriam começado em 1469, quando o pai dele, Oto V, Duque de Brunsvique-Luneburgo formou uma aliança com o tio de Margarida, Guilherme III, Conde da Turíngia. O lado da Saxónia decidiu atrasar as negociações até à expansão do Castelo de Celle ser concluída, uma vez que o distrito e o castelo de Celle tinham sido prometidos a Margarida como parte da sua herança de viuvez.
Margarida morreu em dezembro de 1528 e foi enterrada na Igreja de São Pedro e São Paulo em Weimar.
Descendência
Do seu casamento, Margarida teve os seguintes filhosː
Ana de Brunsvique-Luneburgo (7 de Março de 1492 - 1500), morreu com cerca de oito anos de idade;
