Sua origem está na formação do antigo povoado de Santana do Jequeri, na margem esquerda do Rio Casca, por volta de 1848. Os primeiros moradores eram fazendeiros que foram para a região atraídos pela fertilidade da terra.
Segundo a tradição, o nome do local foi inspirado num antigo morador, o velho Miguel Jequeri. Santana do Jequeri tornou-se distrito em 1855 e teve sua denominação reduzida para Jequeri. Sua emancipação ocorreu em 1923. Diz uma lenda que o município se acabará em areia, devido a praga de um padre, insatisfeito com um habitante do local que cortou o rabo de seu burro.
População estimada 2005 em 01.07.2005 12.738. Área da unidade territorial (km²) aprox. 548.