Em 1852 abraça a carreira de seu pai, farmacêutico e naturalista, brilhante micologista e entomologista, que lhe comunica a sua paixão pelas ciências naturais.
Diplomado como farmacêutico de primeira classe em 4 de maio de 1852, Émile Boudier funda a a farmácia do estabelecimento termal de Enghien-les-Bains em 1853. Mais tarde retoma a oficina paternal onde exercerá durante vinte e cinco anos até 1878, data em que se retira para dedicar-se às suas pesquisas científicas favoritas até à sua morte. Durante trinta anos dirigiu excursões micológicas semanais às florestas da região de Île-de-France, acompanhado por numerosos micologistas franceses e estrangeiros.
Antes apaixonado pela entomologia, na qual se notabiliza reunindo uma colecção importante, a sua segunda paixão revela-se no decurso de excursões com o micologista Joseph-Henri Léveillé (1796-1870), de quem tinha a sorte de ter por vizinho em Montmorency. Em 1854, contribui para a criação da Société botanique de France, à qual presidirá em 1901.
Em 1864 é eleito correspondente da Académie Nationale de Médecine que lhe concede o prémio Orfila pela sua memória Les Champignons au point de vue de leurs caractères usuels, chimiques et toxicologiques, a qual será publicada dois anos depois antes de ser traduzida para o alemão.
Em 1870, a pilhagem da sua colecção de insetos raros pelos alemães, incita-o a dedicar-se exclusivamente aos fungos.
Depois de publicar uma monografia dos Ascomycota (1868), dedica-se à renovação da sistemática dos Discomycetes, após ter descoberto a importância da deiscência dos ascos que o levará a dividir a subclasse dos Discomycetes em operculados e inoperculados. Reúne as suas observações em 1885 no seu Essai sur la classification des Discomycètes charnus, obra premiada com o prémio Desmazières, atribuído pela Académie des Sciences em 1887.
Segue-se a sua obra mais importante Les Discomycètes d'Europe (1907) e Histoire et classification des Discomycètes d’Europe (1909).
Paralelamente a estes trabalhos determinantes sobre a classificação e a mais de 90 publicações de sistemática, os seus talentos de aquarelista vão firmar a sua reputação à escala mundial, com a publicação do seu magnífico atlas com mais de 600 imagens, Icones mycologicae (6 volumes, 1904-1910).
A Faculdade de Farmácia da Universidade Paris Descartes dedicou-lhe um dos seus anfiteatros, mas o governo não reconhecerá os seus méritos até 1910, quando o nomeia cavaleiro da Legião de Honra.
Em 1917, com 89 anos, retira-se para Blois, donde publicará Dernières étincelles mycologiques.
Publicações
Boudier, É. (1869). Mémoire sur les Ascobolées. Annales des Sciences Naturelles, Botanique, sér. 5 10: 191-268.
Boudier, É. (1877). De quelques espèces nouvelle de champignons. Bull. Soc. Bot. France24: 307-314.
Boudier, É. (1879). Diagnoses nouvelles de quelques espèces critiques de champignons. Bull. Soc. Bot. France26: 228-236.
Boudier, É. (1881). Nouvelles espèces de champignons de France. Bull. Soc. Bot. France28: 91-[93], tab.
Boudier, É. (1885). Note sur un nouveau genre et quelques nouvelles espèces des Pyrenomycètes. Revue Mycologique Toulouse7: 224-[226], tab.
Boudier, É. (1885). Nouvelle classification naturelle des Discomycètes charnus. Bull. Soc. Mycol. France1: 91-120.
Boudier, É. (1885). Description de quelques espèces nouvelles de champignons basidiosporés. Bull. Soc. Bot. France32: 282-[283].
Boudier, É. (1887). Notice sur les discomycètes figurés dans les dessins inédits de Dunal. Bull. Soc. Mycol. France3: 88-96.
Boudier, É. (1888). Nouvelles espèces de Discomycètes inoperculès de France. Bull. Soc. Mycol. France4: 76-86, 1 pl..
Boudier, É. (1891). Quelques nouvelles espèces de champignons inférieurs. Bull. Soc. Mycol. France7: 81-83, tab.
Boudier, É. (1891). Trois nouvelles espèces de Pezizes. Bull. Soc. Mycol. France7: [215].
Boudier, É. et Patouillard, N.T. (1892). Description de deux nouvelles espèces de Gymnoascus de France. Bull. Soc. Mycol. France8: 43-45, 1 pl..
Boudier, É. (1896). Description de quelques nouvelles espèces de Discomycètes de France. Bull. Soc. Mycol. France12: 11-17, pls. 3-4.
Boudier, É. (1897). Nouvelles espèces ou variétés de champignons de France. Bull. Soc. Mycol. France13 (1): 9-18, pls 1-4.
Boudier, É. (1897). Révision analytique des morilles de France. Bull. Soc. Mycol. France13 (2): 129-153.
Boudier, É. (1898). Descriptions et figures de quelques espèces de Discomycètes operculés nouvelles ou peu connues. Bull. Soc. Mycol. France14: 16-23, pls. 3-4..
Boudier, É. (1898). Description d'une nouvelle espèce de morille de France, le Morchella Reilana. Ann. Soc. Bot. Lyon23: 85-87.
Boudier, É. (1899). Note sur quelques champignons nouveaux des environs de Paris. Bull. Soc. Mycol. France15: 4-54.
Boudier, É. et Patouillard, N.T. (1900). Note sur deux champignons hypogés. Bull. Soc. Mycol. France16: 141-146, 1 pl..
Boudier, É. (1901). Note sur le genre Perrotia, nouveau genre de Discomycètes operculés. Bull. Soc. Mycol. France17: 23-25.
Boudier, É. (1902). Champignons nouveaux de France. Bull. Soc. Mycol. Fr.18: 137-146, 3 plates.
Boudier, É. (1904-1905, publ. 1905). Icones Mycologicae 1-5 [Série 1]: pls. 1-100. Paris; Paul Klincksieck.
Boudier, É. (1905-1906, publ. 1906). Icones Mycologicae 6-10 [Série 2]: pls. 101-200. Paris; Paul Klincksieck.
Boudier, É. (1906-1907, publ. 1907). Icones Mycologicae 11-15 [Série 3]: pls. 201-300. Paris; Paul Klincksieck.
Boudier, É. (1907). Histoire et Classification des Discomycètes d’Europe. 223 pp. Paris; Librairie des Sciences Naturelles Paul Klincksieck.
Boudier, É. (1907-1908, publ. 1908). Icones Mycologicae 16-20 [Série 4]: pls. 301-400. Paris; Paul Klincksieck.
Boudier, É. (1908, publ. 1909). Note sur une nouvelle espèce de Pseudophacidium. Transactions of the British Mycological Society3: 81.
Boudier, É. (1908-1909, publ. 1909). Icones Mycologicae 21-25 [Série 5]: pls. 401-500. Paris; Paul Klincksieck.
Boudier, É. (1909-1910, publ. 1910). Icones Mycologicae 26-30 [Série 6]: pls. 501-600. Paris; Paul Klincksieck.
Boudier, É. et Torrend, C. (1911). Discomycètes nouveaux de Portugal. Bull. Soc. Mycol. France27: 127-136, tab.
Além dos géneros Boudiera e Boudierella, e de 86 espécies e subespécies boudieri que lhe foram dedicadas pelos micologistas, Boudier descreveu (exclusivamente sob o seu nome) os seguintes táxons:
Mangin, L. (1920) - Notice nécrologique, in Bull. Soc. mycol. France t.36.
Radais, M. (1920) - Notice nécrologique (avec liste des publications), Bull. Sc. Pharmacol.1920, p. 389-399
Combes (1953) - Figurines pharmaceutiques françaises (Cent cinquantenaire de la création des écoles de pharmacie et de la société de pharmacie de Paris).
Dillemann, Georges. (1984)— La mycologie et les pharmaciens (Livre d'or du centenaire - Documents historiques sur la mycologie), Bull. Soc. mycol. France, t.100, fasc.2, LXXVII-LXXX
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