Hibridização de DNA-DNA

A hibridação de DNA-DNA ou hibridização de DNA-DNA, geralmente, refere-se a uma técnica biológica molecular que determina o grau de semelhança genética entre combinações de sequências de DNA. Esta técnica geralmente é usada para determinar a distância genética entre duas espécies. Quando várias espécies são comparadas dessa forma os valores semelhantes permitem que as espécies sejam dispostas em uma árvore filogenética; isto é o que torna possível a realização do sistema molecular.

Charles Sibley e Jon Ahlquist, pioneiros desta técnica, usaram a hibridização DNA-DNA para examinar as relações filogenéticas de pássaros (a taxonomia de Sibley-Ahlquist) e primatas.[1][2] Os críticos argumentam que esta técnica não é muito precisa para a comparação de espécies muito próximas, uma vez que qualquer tentativa para determinar diferenças entre os grupos de ortólogos entre organismos é denominado pela hibridação de sequências parólogas dentro do genoma de um organismo.[3] O sequenciamento de DNA e comparações computacionais de sequências de hoje é geralmente o método para determinar a distância genética, embora a técnica ainda seja usada em microbiologia para identificar as bactérias.[4]

Método

O método desenvolvido por Sibley e Ahlquist, compara uma amostra identificada depois que é hibridizada contra a sua própria fusão após hibridizado com o DNA não identificado de outro organismo.[5] Para ser comparado o DNA das duas espécies; é extraído, purificado e clivado em pequenos fragmentos (por exemplo 600 a 800 par de bases). O DNA de um organismo é identificado para ser comparado um ao outro. A união fica incubada para permitir que as cadeias de DNA se separem e se restabeleçam formando um DNA híbrido de dupla hélice.

As sequências hibridizadas com um alto grau de similaridade vão ficar mais firmes e por isto é necessário mais energia para separá-las: por exemplo, elas separam a uma temperatura mais alta do que com animais de diferentes vertentes, um processo conhecido como desnaturação do DNA. O DNA é formado com fios de origem animal. Para avaliar o perfil de desnaturação da hibridização do DNA, o DNA dupla hélice é ligado a uma coluna e a mistura é aquecida em passos pequenos. A cada passo a coluna é lavada; as sequências se dissolvem e ficam sozinhas e fora da coluna. As temperaturas em que o DNA identificado se solta da coluna, reflete o nível de semelhança entre as sequências (e a auto-hibridação que serve como um controle). Estes resultados são combinados para determinar o grau de semelhança genética entre os organismos.

Referências

  1. ↑ Genetic Similarities: Wilson, Sarich, Sibley, and Ahlquist
  2. ↑ C.G. Sibley and J.E. Ahlquist (1984). «The Phylogeny of the Hominoid Primates, as Indicated by DNA-DNA Hybridization». Journal of Molecular Evolution. 20: 2–15. doi:10.1007/BF02101980 
  3. ↑ «DNA hybridization in the apes -- Technical issues». Consultado em 29 de agosto de 2009. Arquivado do original em 9 de maio de 2007 
  4. ↑ S.S. Socransky, A.D. Haffajee, C. Smith, L. Martin, J.A. Haffajee, N.G. Uzel, J. M. Goodson (2004). «Use of checkerboard DNA–DNA hybridization to study complex microbial ecosystems». Oral Microbiology and Immunology. 19 (6): 352–362. doi:10.1111/j.1399-302x.2004.00168.x 
  5. ↑ THE DNA-DNA HYBRIDIZATION TECHNIQUE: Methods and discussions about groups, by Dr. Charles G. Sibley

Graur, D. & Li, W-H. 1991 (2nd ed. 1999). Fundamentals of Molecular Evolution. (a good text on these topics)

Veja também