Embora o nome do estado tivesse como referência Frankfurt, a cidade era administrada por comissários franceses enquanto Dalberg residia na cidade de Aschaffenburg. De acordo com a Constituição do Grão-Ducado, com a morte de Dalberg, o estado seria herdado pelo enteado de Napoleão, Eugénio de Beauharnais.
Dalberg abdicou a favor de Eugénio a 26 de outubro de 1813, na sequência da derrota de Napoleão na Batalha de Leipzig. O Grão-Ducado deixou de existir após Dezembro de 1813, quando a cidade foi ocupada pelas tropas aliadas. Enquanto Frankfurt, só por si, tornou-se uma Cidade Livre, a maior parte do território do Grão-Ducado viria a ser anexado pelo Reino da Baviera.