O Nilo Branco atravessa o país fluindo de sul para norte, e passa em Juba, a capital do país.[1]
Cerca de metade da água do Nilo Branco perde-se em pântanos ou é consumida pela vegetação ou animais. Os pântanos nas regiões de Sudd, Bahr el Ghazal e do rio Sobat formam um importante ecossistema.
A parte centro-oriental do país é uma planície fluvial, onde as aluviões são distribuídas à medida que a subsidência afeta o substrato rochoso. Há jazidas de petróleo e gás natural.
A parte sudoeste do país tem afloramentos do substrato, constituído por rochas magmáticas. Na fronteira com a Etiópia há afloramentos de rochas magmáticas e intrusivas.