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O clube foi fundado em 28 de Agosto de 1957, pela Sociedade Ultramarina de Conservas. O clube comemorou o seu 10° aniversario em 1975.
O Ultramarina venceu o primeiro título insular na década de 1980, comemorou o seu 25° aniversário em 1990 e o 50ª aniversário em 2015. O clube possui mais títulos regionais, com 13 conquistas no total. Seu último titulo foi em abril de 2019. O Ultramarina possui duas Taças de São Nicolau, duas Super Taças de São Nicolau e dois Torneios de Abertura de São Nicolau.
Rivalidade
Seu único rival é o SC Atlético, e as partidas entre os dois clubes são conhecidas como clássico de São Nicolau. A rivalidade teve início na década de 90.
Títulos
Títulos insulares:
Campeonato Regional de São Nicolau: 13 1995/96, 1998/99, 2000/01, 2002/03, 2003/04, 2005/06, 2006/07, 2008/09, 2010/11, 2012/13, 2014/15, 2016/17, 2018/19