Nascido em Estância Velha, Rio Grande do Sul, Eduardo Bauermann foi descoberto em 2006 em um campeonato regional na sua cidade-natal. O técnico do time adversário apostou em seu talento e entrou em contato com um dirigente do Internacional. Contudo, fez um teste e foi aprovado, onde passou em todas as categorias de base do clube até ser relacionado pela primeira vez no elenco profissional.[1][2][3][4]
Sua estreia como jogador profissional aconteceu no dia 26 de janeiro de 2014, quando foi titular em uma vitória fora de casa por 2–1 sobre o Passo Fundo, válida pelo Campeonato Gaúcho.[5][6] Marcou seu primeiro gol como profissional no dia 18 de julho de 2015, em uma vitória em casa por 2–1 sobre o Goiás, válida pelo Campeonato Brasileiro.[7][8][9]
Náutico
Com a falta de espaço no Internacional, o Náutico oficializou a contratação de Bauermann em 14 de maio de 2016, por um contrato de empréstimo até o fim da temporada.[10][11][12][13] Estreou pelo Timbu no dia 24 de maio, sendo titular em uma derrota fora de casa por 1–0 para o Londrina, válida pela Série B.[14][15][16] Seu primeiro e único gol marcado pelo clube foi no dia 22 de julho, em uma vitória em casa por 3–1 sobre o Avaí.[17][18][19][20]
Retorno ao Internacional
Com a venda de Réver ao Flamengo, em 3 de agosto de 2016, o Internacional solicitou o retorno de Bauermann do seu contrato de empréstimo com o Náutico. O retorno não agradou os dirigentes do clube pernambucano, pois afirmaram que foi solicitado de forma incondicional, mas a negociação se resolveria em seguinte.[21][22][23][24][25] Sua reestreia pelo Inter aconteceu em 15 de agosto, entrando como titular em uma derrota fora de casa por 1–0 para a Chapecoense, pelo Campeonato Brasileiro.[26][27][28]
Atlético Goianiense
Em 3 de maio de 2017, foi oficializado o empréstimo de Eduardo Bauermann ao Atlético Goianiense, por um contrato até o fim da temporada.[29][30] Fez sua estreia em 8 de junho, entrando como titular em uma vitória em casa por 3–0 sobre a Ponte Preta, pelo Campeonato Brasileiro.[31][32]
Figueirense
Após não receber chances no Atlético Goianiense e estar fora dos planos do Internacional mais uma vez, no dia 18 de dezembro de 2017, foi oficializado o empréstimo de Bauermann ao Figueirense.[33][34][35][36] Sua estreia aconteceu no dia 24 de janeiro de 2018, entrando como titular em uma vitória em casa por 1–0 sobre o Brusque, válida pelo Campeonato Catarinense.[37]
Na reta final do Campeonato Catarinense, Bauermann tornou-se titular e ganhou uma sequência na equipe do Figueirense no restante do ano. Durante a sua passagem, o zagueiro chamou a atenção do Ceará, do Fortaleza e de alguns clubes do exterior.[38][39][40]
Paraná
Em 4 de janeiro de 2019, por meio de uma parceria com o Internacional, o zagueiro foi oficializado pelo Paraná, assinando um contrato de um ano.[1][41][42][43][44][45] Sua estreia aconteceu no dia 20 de janeiro, entrando como titular em uma derrota fora de casa por 1–0 para o Operário Ferroviário, pelo Campeonato Paranaense.[46] Seu primeiro gol marcado pelo clube aconteceu em 24 de março, durante uma vitória em casa por 4–1 sobre o Cascavel.[47][48]
Na sua estreia, acabou sendo expulso ainda no primeiro tempo. O jogador até foi titular no jogo seguinte depois de cumprir suspensão automática, mas perdeu a posição e ficou no banco de reservas por sete partidas consecutivas. Ele recuperou a titularidade na reta final do Campeonato Paranaense, e continuou assim na Série B. Com boas atuações, Eduardo Bauermann se destacou na temporada, chegando a receber uma proposta do Sint-Truiden, da Bélgica, mas foi negada em seguida.[49][50][51][52][53]
Depois de sua saída ao América Mineiro, em 2020, Eduardo Bauermann entrou com uma ação na justiça contra o Paraná em razão da falta de pagamentos de salários, direito de imagem, 13º, férias e depósito de FGTS. Em seguida, ganhou a ação de 195 mil reais contra o clube.[54][55][56][57][58]
América Mineiro
Em 4 de janeiro de 2020, foi oficializada a contratação de Eduardo Bauermann pelo América Mineiro, por um contrato até dezembro de 2021.[59][60][61][62] O zagueiro realizou sua estreia no dia 22 de janeiro, sendo titular em um empate em casa por 2–2 com a Caldense, válido pelo Campeonato Mineiro.[63][64] Seu primeiro gol pela equipe aconteceu no dia 29 de agosto, em uma vitória fora de casa por 2–1 sobre o Cruzeiro, válida pela Série B.[65][66][67]
Ele jogou regularmente e obteve uma sequência, até que sofreu uma lesão que o tirou dos gramados por dois meses na temporada de 2020. No mesmo ano, no entanto, o América Mineiro foi vice campeão da Série B e conseguiu o acesso.[68] No ano seguinte, Bauermann tornou-se titular absoluto, participando da campanha que levou a equipe para a oitava colocação da Série A e a inédita classificação para a Copa Libertadores da América de 2022.[69][70][71]
Santos
No final de 2021, o Santos encaminhou um pré-contrato com Eduardo Bauermann.[72][73][74] A contratação foi oficializada no dia 3 de janeiro de 2022, com o zagueiro sendo apresentado no dia 11 de janeiro, assinando um contrato em definitivo por três anos.[75][76][77][78][79][80]
Realizou sua estreia pelo Peixe no dia 26 de janeiro, entrando como titular em um empate fora de casa por 0 a 0 com a Inter de Limeira, válido pelo Campeonato Paulista.[81][82][83][84] Seu primeiro gol pelo clube aconteceu em 6 de fevereiro, em um empate fora de casa por 1–1 com o Guarani.[85][86][87][88]
Em 15 de junho de 2023, com seu contrato com o Santos suspenso por conta da Operação Penalidade Máxima, foi acertada a sua venda ao clube turco Alanyaspor, com o Santos não recebendo dinheiro de forma imediata e ficando com 40% dos direitos econômicos.[90][91] Mas, no dia 11 de setembro, após ser punido pela FIFA por conta do envolvimento com casa de apostas, ele rescindiu seu contrato com o clube turco sem jogar uma partida sequer.[92]
Everton de Viña del Mar
Em maio de 2024, Eduardo Bauermann acertou para ser o novo reforço do clube chileno Everton de Viña del Mar após o fim de sua suspensão imposta pela FIFA.[93][94]
Pachuca
No dia 26 de novembro de 2024, foi confirmada a contratação de Eduardo Bauermann pelo clube mexicano Pachuca após cinco meses no Chile, com sua estreia marcada para o início de janeiro de 2025.[95]
Em 8 de maio de 2023, foram vazadas conversas entre Bauermann e um apostador envolvido em uma quadrilha investigada pelo Minstério Público de Goiás.[99] No dia seguinte, após reunião, o Santos anunciou, em nota oficial, o afastamento de Bauermann do elenco.[100][101] Em 16 de maio, teve seu contrato com o Santos suspenso.[89] Eventualmente, o jogador teve uma punição de 12 jogos de suspensão pela CBF.[102][103]