Na primeira fase, o campeonato está sendo disputado em dois turnos.
No primeiro turno, que não conta com as equipes participantes da Copa do Nordeste, os nove clubes restantes jogam entre si no sistema de pontos corridos com jogos somente de ida. O clube que obtiver o maior número de pontos assegura o direito a uma vaga na Copa do Brasil de 2014[1].
O segundo turno terá a participação de doze clubes, com a inclusão de Santa Cruz, Sport e Salgueiro, que jogam entre si no sistema de pontos corridos em jogos somente de ida. Os quatro primeiros colocados se classificam para a fase final e as oito equipes restantes disputam um octogonal onde os dois últimos são rebaixados para a Série A2 em 2014.
Na fase final, as quatro primeiras equipes do segundo turno disputam um cruzamento eliminatório: 1º com o 4º e 2º com 3º, em confrontos de ida e volta. Os ganhadores das semi-finais se classificam para a final, que também será disputada em ida e volta, para decidir o grande campeão, se por acaso o placar agregado das duas partidas der empate haverá uma terceiro jogo de desempate.
