Fundada pelos romanos como Augustoduno (em latim: Augustodunum) no início do reinado do imperadorAugusto(r. 27 a.C.–14 d.C.), capital galo-romana dos éduos em substituição ao ópido de Bibracte, bispado desde a Antiguidade, Autun foi até o final do século XV uma cidade próspera e um centro cultural influente, apesar das pilhagens e invasões. Seu isolamento geográfico e a crescente concorrência de Dijon, de Chalon-sur-Saône e depois do Creusot contribuíram para seu declínio ao longo dos séculos seguintes.
Dificilmente convertida na indústria no século XIX (exploração do xisto betuminoso e do flúor), Autun experimentou no XX renovado impulso que tornou a sede de várias empresas nacionais e um dos seis liceus de defesa franceses. A cidade mantém o seu passado antigo e medieval um rico patrimônio que de fato também é um local turístico importante no coração da Borgonha.