O papa reside ali oficialmente de outubro a junho, e de julho a setembro desloca-se para a sua residência de verão, em Castel Gandolfo.[3] Três dos últimos quatro papas (João XXIII, João Paulo I e o João Paulo II) morreram no Apartamento Papal; o quarto, o Paulo VI, morreu em Castel Gandolfo.[carece de fontes?]
O Apartamento Papal costuma ser reformado para cada novo papa, seguindo projetos que estejam de acordo com as preferências do novo pontífice. A última reforma foi feita em 2005, depois da morte de João Paulo II e a eleição de Bento XVI no conclave papal de 2005. O Apartamento Papal estaria então mal-conservado, com "decorações ultrapassadas e falta de iluminação", além de grandes tonéis colocados em seu teto falso para coletar a água de goteiras.[4] O projeto, realizado durante os três meses em que Bento esteve na residência de Castel Gandolfo,[4] incluiu a construção de uma nova biblioteca para acomodar os 20.000 livros de Bento (colocados na mesma ordem exata que ele mantinha em sua residência anterior),[4] a substituição da fiação elétrica (as tomadas de 125 volts, que haviam deixado de ser usadas na Itália anos antes, foram finalmente substituídas por saídas de 220 volts)[4] e do encanamento (novos canos foram instalados para substituir os antigos, já "incrustados de limo e ferrugem.").[4] O sistema de aquecimento central foi consertado, e a cozinha foi reequipada, supostamente com novos fornos, fogões e outros eletrodomésticos doados[2] por uma empresa alemã.[4] O piso, que é de mármore do século XVI decorados com incrustações, foi restaurado.[4] O escritório médico ("instalado às pressas nos aposentos papais para o enfermo João Paulo II.")[2] foi reformado e expandido, e passou a contar com equipamento para tratamento dentário,[2] e o aposento papal em si foi completamente refeito. Papeis de parede e outros elementos decorativos foram instalados;[4] o projeto foi executado por mais de 200 arquitetos, engenheiros e operários.[4] Bento também deslocou todos os seus pertences pessoais para o Apartamento Papal, incluindo um piano vertical.[3]
Em 2013, Após a eleição do Papa Francisco, ele preferiu ficar na Casa Santa Marta.