Fundatorem i organizatorem budowy kolei do Zakopanego był Władysław Zamoyski, którego upamiętnia tablica pamiątkowa na dworcu, ustanowiona w 1999 w 100-lecie fundacji.
W czerwcu 2022 dotychczasowy układ torowy stacji rozebrano, a w jego miejsce w 2023 powstał nowy układ torów i peronów, przy czym niweleta torowiska została obniżona o 1 metr. Równocześnie przy dworcu powstał parking wielopoziomowy[2].
Zakopane jest drugą co do wysokości bezwzględnej stacją kolejową w Polsce (835 m n.p.m.)[a].