Przebywał na wygnaniu w Siedmiogrodzie na dworze Stefana Batorego, z którym, nie bacząc na ciążący na nim wyrok, przyjechał do Rzeczypospolitej w roku 1576. Udał się na Sicz zaporoską, gdzie jako hetman kozacki wziął udział w wojnie z Rosją (1580). Spiskował z Habsburgami przeciwko królowi. Groził zamachem na króla Stefana Batorego. Za namową Habsburgów w lecie 1583 bez zgody króla wyprawił się na tereny tureckie, niszcząc przy okazji należące do Jana Zamoyskiego Jahorlik i Tiahiń. Spowodowało to pogorszenie stosunków z sułtanem Muradem III, który zagroził wojną, gdyby nie ukarano winnych. Gdy w końcu kwietnia 1584 Samuel Zborowski pociągnął zbrojnie do swej ukochanej siostrzenicy w Piekarach, nie kryjąc, że celem wyprawy jest Kraków, Jan Zamoyski wydał rozkaz egzekucji dekretu z 1574. Była to rzecz bez precedensu w dotychczasowej historii egzekucji prawa w Polsce szlacheckiej. 11 maja 1584 Samuel Zborowski został ujęty w Piekarach i osadzony jako niebezpieczny złoczyńca w wieży zamku na Wawelu. Egzekutorami rozkazu kanclerza Zamoyskiego byli ówczesny wojewodzic bełski Stanisław Żółkiewski i podstarości krakowski Wacław Urowiecki. Na nic zdały się protesty możnowładców, interwencja deputowanych szlachty województwa krakowskiego, którzy jeszcze w dniu 19 maja 1584 r. żądali u kanclerza, aby sprawę Zborowskiego przekazał do decyzji sejmu. Bez rezultatu – kanclerz podjął decyzję za wcześniejszym werbalnym przyzwoleniem króla Stefana Batorego, który wyraził się o Samuelu Zborowskim: Canis mortuus non mordet (Nieżywy pies nie gryzie).
Kanclerz Zamoyski, który był prawnikiem, w noc poprzedzającą stracenie próbował jeszcze wymóc na Samuelu zeznania dotyczące spisku familii Zborowskich, które sankcjonowałyby wyrok śmierci. Rozmowa odbyła się w cztery oczy i zapewne nie spełniła oczekiwań kanclerza, skoro ten zrewanżował się w sposób niegodny i nieprawny, nie spełniając ostatniego życzenia skazanego – Samuel poprosił o ostatnią posługę ministra (pastora protestanckiego) lub kapłana. Zamoyski odmówił.
Samuel Zborowski został ścięty na dziedzińcu zamku wawelskiego 26 maja 1584. Jego niewprawnie odrąbana głowa skoczyła [...] trzy razy ku Urowieckiemu, aż się jej umykał[4] – jak zapisał w swoim „Pamiętniku” siostrzeniec Zborowskich, wojewoda Jan Zbigniew Ossoliński, świadek stracenia.
Po ciało Samuela Zborowskiego przyjechał pan marszałek, brat jego (Andrzej Zborowski) i do Oleśnice zawiózł. W Krakowie i kraju pozostało natomiast piwo Zamoyskiego, jak współcześni nazwali atmosferę buntu, spowodowaną ścięciem Samuela Zborowskiego. Że wielki tumult ludzki i smętek był... i wrzawa[4] – co zapisał Zbigniew Ossoliński, świadczyła powstająca na gorąco literatura, która z Samuela czyniła ofiarę prywatnej zemsty kanclerza i nietolerancji, męczennika wolności.
W skardze wniesionej 30 października 1584 przez Andrzeja Zborowskiego i jego braci śmierć Samuela określono jako morderstwo i novum emergens[5] pociągające za sobą periculum libertatum (zagrożenie wolności)[6].
W 1588 na sejmie koronacyjnym ustalona została ustawa, którą można by uznać za triumf Zborowskich i nazwać Lex Zborowski o crimen laesae maiestatis (Ustawą Zborowskich o zarzut zbrodni stanu – obrazy majestatu), która precyzowała postulaty Zborowczyków, dotyczące sposobu prowadzenia spraw o obrazę majestatu. Osiągnięciem demokracji szlacheckiej było pozbawienie króla, jako zainteresowanej strony, głosu decydującego. Jego miejsce zajmować mieli odtąd posłowie sejmowi. Ustawa wykluczała również ściganie buntowników w domach szlacheckich[8].
↑Novum emergens (łac. „nowe położenie”), w ten sposób nazywano sprawy rozpatrywane bez podstawy prawnej, przy zetknięciu z taką sprawą sędziowie obowiązani byli odstąpić od orzekania i powiadomić o tym sejm, do którego należało rozstrzygnięcie (Encyklopedia staropolska : Novum emergens).
↑„A tak aby więc koniec już swój wzięła, za instancją wszech Rzeczypospolitej Stanów, i za pokazaniem dostatecznym przez pomienionego Hetmana Koronnego, że do tej egzekucji, nie z jakiej ofensy i obrazy, ale zelo juris et conscientiae [gorliwości prawa i sumienia] i wykonania powinności swej starościej przystąpił. My znalawszy ten postępek być prawny, sprawę tę authoritate praesentis Conventus [powagą obecnego Sejmu] za zezwoleniem Rad koronnych i duchownych i świeckich i Posłów Ziemskich obojga narodu, czasy wiecznemi umarzamy i w niej wieczne milczenie wszystkim i każdemu z osobna imponimus (nakładamy)” Tamże, s. 281 Egzekucja wyroku Króla Henryka anno 1574 (pisownia uwspółcześniona).
↑R. Zieliński, R. Żelewski, Olbracht Łaski. Od Kieżmarku do Londynu, Warszawa 1982, s. 162.