Według legendy w 1343 roku król Kazimierz Wielki ufundował gotycką kaplicę. W 1697 roku ks. Piotr Głoski z Poraża ufundował prebendę w Zagórzu. W 1700 roku Jan Franciszek Stadnicki ufundował kościół i klasztor oo. Karmelitów Bosych, a w 1714 roku przybyli pierwsi zakonnicy. W 1724 roku kasztelan biecki Piotr Stadnicki powiększył jej uposażenie prebendy. W 1730 roku ukończono budowę klasztoru Karmelitów[2].
Kaplica później została rozbudowana, a w 1754 roku bp Wacław Hieronim Sierakowski, dokonał konsekracji kościoła. W 1911 roku kościół został zniszczony przez pożar. W kościele od XV wieku znajduje się łaskami słynący obraz Zwiastowania Najświętszej Maryi Panny.
14 kwietnia 1940 roku ks. kan. Władysław Wójcik został aresztowany przez Gestapo.
Od 2003 parafia wydaje własny miesięcznik Verbum. W parafii działają: Parafialna Rada Duszpasterska, ministranci, lektorzy, schola oraz chór młodzieżowy[5]. 1 lipca 2007 roku w kościele ustanowiono sanktuarium, a obraz Matki Bożej Zagórskiej otrzymał tytuł Matki Nowego Życia i został ukoronowany koronami papieskimi[6][7].