W 1184 roku spoczęły tu szczątki św. Floriana, sprowadzone do Polski przez księcia Kazimierza Sprawiedliwego, a w 1254 roku złożono tutaj relikwie św. Stanisława, dając początki ideowemu centrum katedry. Ponadto ołtarz był bogato uposażany w relikwiarze oraz rozmaite sprzęty, służące do liturgii. Znaczącą rolę odgrywały tu polskie królowe: dzięki Elżbiecie Łokietkównej ołtarz otrzymał srebrny relikwiarz w typie skrzynkowym, podtrzymywany przez cztery anioły. Ostatnia żona Władysława II JagiełłyZofia Holszańska sprawiła katedrze srebrny i pozłacany relikwiarz na głowę (późniejszy relikwiarz św. Floriana); Elżbieta Rakuszanka dla relikwii głowy świętego sprawiła szczerozłoty i kameryzowany relikwiarz ozdobiony półplastycznymi scenami z żywota św. Stanisława wykonany przez Marcina Marcińca; zaś Anna Jagiellonka wzbogaciła wspomniany dar Zofii Holszańskiej o szczerozłotą koronę wotywną. Przez wieki ołtarz była miejscem składania wotów, trofeów wojennych, np. przez króla Władysława Jagiełłę, który po zwycięstwie grunwaldzkim zawiesił przy grobie świętego chorągwie krzyżackie.
Obecne mauzoleum zostało wzniesione z fundacji biskupa Marcina Szyszkowskiego w latach 1626–1629 według projektu Jana Trevano. Wtedy szczątki świętego umieszczono w trumnie-relikwiarzu, ufundowanym przez Zygmunta III Wazę, a oddanym po śmierci króla do katedry przez jego synów: Władysława IV, który ufundował również srebrny, pozłacany posąg Św. Stanisława z Piotrowinem, oraz królewicza Jana Kazimierza. Jednakże ani posąg, ani trumna nie przetrwały potopu szwedzkiego. Ołtarz srebrny Świętego Stanisława w formie tryptyku szafiastego ofiarowany przez Zygmunta I Starego, w czasie potopu szwedzkiego został ukryty przez kanonika Szymona Starowolskiego i zakopany na cmentarzysku przy katedrze. O ukryciu ołtarza komendant szwedzki Paul Würtz dowiedział się od Żydów z Kazimierza, odnalazł go i sprzedał Żydowi Pinkusowi z Kazimierza. Według inkwizycji komendanta zamkowego z 1657 roku dwie części tego ołtarza ważyły 80 grzywien, nie ustalono wagi trzeciej głównej części. Żydzi ołtarz ten połamali, potłukli i stopili na srebro. Po inkwizycji Krakowska Kapituła Katedralna wytoczyła Żydom proces, w 1659 roku zapadł wyrok skazujący Żydów kazimierskich na zapłacenie 10 000 złotych za zniszczenie ołtarza i za doprowadzenie Szwedów do jego odnalezienia[4]. Stacjonujące na Wawelu wrogie wojska obrabowały całe wzgórze.
W 1669 r. kapituła zamówiła nowy relikwiarz u gdańskiego złotnika Piotra von der Rennena, który wykonał również trumnę na relikwie św. Wojciecha. Tymczasem relikwie złożono chwilowo w starej trumnie, pochodzącej z fundacji księżnej Kingi. Relikwiarz był już gotowy w 1670 r., jednak kapituła nie miała czym zapłacić. Postanowiła więc przetopić i oddać starą trumnę złotnikowi, a szczątki spoczęły w nowej.
Po prawej stronie relikwiarza stoją: świecznik ukazujący sceny z życia Chrystusa – dar biskupów niemieckich z 1980 roku oraz świeca wotywna ofiarowana przez Jana Pawła II.
Nad relikwiarzem wiszą trzy lampy: środkowa, będąca darem księżnej Izabeli Czartoryskiej, pochodzi z 1805 roku, a boczne, ufundowane przez kardynała Jana Puzynę, z 1900 roku.
↑W literaturze częstokroć występuje pojęcie konfesja św. Stanisława, w świetle aktualnych badań pojęcie to jest błędne. Zob. Piotr Krasny, Marek Walczak, Konfesja. Kilka uwag o znaczeniu terminu oraz jego używaniu i nadużywaniu w polskiej literaturze historycznoartystycznej, "Roczniki Humanistyczne", Zeszyt 4: Historia sztuki, Tom 54, 2006, s. 67—97
Kazimierz Kuczman, Wzgórze Wawelskie: Przewodnik, [Państwowe Zbiory Sztuki na Wawelu, Ministerstwo Kultury i Sztuki, Zarząd Muzeów i Ochrony Zabytków], Kraków 1988, wyd. drugie
Michał Rożek, Krakowska Katedra na Wawelu, wyd. Św. Stanisława BM Archidiecezji Krakowskiej, Kraków 1989, wydanie trzecie