Mirosław Dragan po zakończeniu kariery piłkarskiej rozpoczął karierę trenerską. Przez wiele lat był trenerem zespołów młodzieżowych Zagłębia Lubin, jednak w razie kłopotów w sztabie szkoleniowym klubu prowadził pierwszy zespół w meczach ligowych[2].
27 czerwca 2004 roku został trenerem Arki Gdynia[3], z którą w sezonie 2004/2005 wywalczył awans do ekstraklasy. Jednak po słabych wynikach na początku sezonu 2005/06 (dziewięć meczów bez zwycięstwa w lidze) został z tego klubu zwolniony[4].
25 sierpnia 2006 roku został zatrzymany w celu złożenia zeznań do prokuratury prowadzącej śledztwo ws. korupcji w polskim futbolu (ustawienie 13 meczów Górnika Polkowice)[6]. Przyznał się do postawionych mu zarzutów i dobrowolnie poddał się karze 2,5 roku więzienia w zawieszeniu na 5 lat, a także 3-letni zakaz działalności w sporcie oraz 35.000 zł grzywny[7]. 31 marca 2011 Wydział Dyscypliny PZPN zdyskwalifikował Mirosława Dragana na sześć lat[8].