30 czerwca 2015 podczas I sesji Kapituły Generalnej Kościoła Starokatolickiego Mariawitów został wybrany na biskupa. Konsekracja biskupia odbyła się 29 sierpnia 2015 w Świątyni Miłosierdzia i Miłości w Płocku. 31 sierpnia 2015 podczas II sesji Kapituły Generalnej został wybrany na biskupa naczelnego Kościoła Starokatolickiego Mariawitów[6].
11 lutego2023 Kapituła Generalna Kościoła Starokatolickiego Mariawitów podjęła uchwałę o zakończeniu kadencji Biskupa Naczelnego bp. M. Karola Babiego, z zachowaniem funkcji biskupa diecezji warszawsko-płockiej[7][8].
5 września2023 Kapituła Generalna ukarała bp. Babiego za niegospodarność, naruszanie procedur finansowych, jednoosobowe podejmowanie decyzji finansowych i prowadzenie działań niezgodnych z interesem Kościoła zawieszeniem w pełnieniu funkcji biskupich od 15 października2023. Kara obejmuje zakaz noszenia insygniów urzędu (krzyż, mitra, pastorał) i sprawowania sakramentów zastrzeżonym biskupom, a także uczestniczenia w uroczystościach kościelnych i państwowych oraz reprezentacji Kościoła wobec władz. Ponadto bp Karol został odwołany z Płocka i skierowany przez Radę Kościoła do parafii w Wierzbicy. [9][10].