Kształcił się w czadyjskich szkołach wojskowych, a następnie został wysłany na 1,5 roczną naukę w liceum wojskowym we francuskimAix-en-Provence[2][4]. Po powrocie i promocji oficerskiej rozpoczął służbę w Służbie Bezpieczeństwa Instytucji Państwowych (SERS) jako zastępca dowódcy zgrupowania[4]. Chrzest bojowy przeszedł w kwietniu 2006 roku, kiedy to rebelianci zaatakowali stolicę Czadu, a następnie wraz z generałem Abu Bakrem al-Saidem wziął udział w bitwie na wschodzie kraju[4]. Po promocji na majora dowodził siłami rządowymi w bitwie pod Am-Dam[4]. Po tej wygranej został mianowany dowódcą wojsk pancernych oraz SERS. W styczniu 2013 roku został mianowany zastępcą dowódcy Czadyjskich Sił Specjalnych[2]. 22 lutego poprowadził armię przeciwko rebeliantom w górach Adrar al-Ifoghas w północnym Mali i był jednym z dowódców wojsk francusko-czadyjskich podczas bitwy pod al-Ifoghas[2][4].
Po śmierci prezydenta Idrissa Déby’ego z rąk FACT 20 kwietnia 2021, rozwiązano czadyjski parlament oraz ustanowiono 15-osobową Tymczasową Radę Wojskową, która na okres 18 miesięcy przejęła władzę w kraju. Rada zniosła konstytucję Czadu, mianując Mahamata Déby’ego Itno dowódcą sił zbrojnych i głową państwa[2]. 10 października 2022 został zaprzysiężony na stanowisku prezydenta Czadu[5].
13 stycznia 2024 Déby został kandydatem Patriotycznego Ruchu Ocalenia w wyborach prezydenckich[7]. 9 maja 2024 został ogłoszony zwycięzcą wyborów przez Narodową Agencję Zarządzania Wyborami (ANGE), według której zdobył 61,3% głosów[3]. 23 maja 2024 Déby złożył przysięgę i rozpoczął 5-letnią kadencję na stanowisku prezydenta[8].