Miejscowość jest siedzibą gminy Jonkowo. Znajduje się tu kościół, cmentarz z zabytkowymi nagrobkami, kilka kapliczek, przystanek autobusowy, mały park przed urzędem gminy, kilka sklepów, straż pożarna, ośrodek zdrowia, apteka, poczta, restauracja, posterunek policji. W pobliżu przystanek kolejowy oraz torfowisko, objęte badaniami naukowymi, prowadzonymi przez Wydział Biologii i Biotechnologii UWM w Olsztynie.
Historia
Wieś lokowana była w 1345 r. przez biskupa warmińskiegoHermana z Pragi (w zasadzie potwierdził założenie wsi kościelnej), na 60 włókach) na prawie chełmińskim, pod pierwotną nazwą Hogenbuche (oznaczające w języku niemieckim Wysokie Buki, ale proponowana nazwa nie przyjęła się). Zasadźca był Jonekon. Jonkowo zostało założone na pruskim terytorium zwanym Gudikus przy bagnisku Mosenbruch, na granicy z Gritegrucz. Nazwa wsi przyjęła się od nazwiska pierwszego sołtysa Prusa o imieniu Jonekony (Joneko) ze wsi Bartołty (obecnie Bartołty Wielkie). W akcie lokacyjnym wsi dla sołtysa przeznaczono 6 włók (włóki sołtysa, wolne od podatku) oraz kolejnych 6 włók za służbę konną (w razie wojny). Sołtys otrzymał dodatkowo zezwolenie na prowadzenie karczmy z wyszynkiem piwa oraz prawo połowu ryb w jeziorze zwanym Rauthschoys i polowania w okolicznych lasach (na własne potrzeby). Pięć włók przeznaczono na uposażenie parafii. Pierwszy kościół powstał w latach 1350–1375 i był drewniany. W 1356 r. biskup warmiński Jan Stryprock zapisał Jonkowo kapitule kolegiackiej w Dobrym Mieście. W czasie wojny polsko-krzyżackiej w 1414 r. Jonkowo zostało spalone i splądrowane. Kolejny akt lokacyjny dla powtórnego zasiedlenia Jonkowa wydał biskup warmiński Jan Abezier w 1421 roku. Przywilej lokacyjny wystawiony został dla Jacoba Knosla i Bartuscha Prusa.
Kolejny raz Jonkowo zostało spalone podczas wojny trzynastoletniej (1454–1466), tym razem przez wojska krzyżackie. Opuszczone włóki w Jonkowie zasiedlał nowymi osadnikami jeszcze w latach 1516, 1518 i 1521 Mikołaj Kopernik jako administrator dóbr kapituły warmińskiej. W Jonkowie Kopernik był dwa razy[6].
Parafia w Jonkowie pojawiła się w wykazie parafii warmińskich pod koniec XV w., a na początku XVI w. została zapisana do archiprezbiteriatu dobromiejskiego.
18 września 1580 r., kościół wybudowany pod koniec XIV wieku, konsekrował biskup Marcin Kromer, ku czci św. Jana Chrzciciela.
W 1656 r. w Jonkowie było dwóch sołtysów, dwóch wolnych gospodarzy,14 chłopów (włościan) i jedna karczma.
Po wkroczeniu armii szwedzkiej na Warmię w 1703 r. Jonkowo (tak jak i inne okoliczne miejscowości) zostały obłożone wysoką kontrybucją, która doprowadziło je do ruiny. W czasie epidemii dżumy w 1710 r. w Jonkowie zmarło 124 mieszkańców. Po wygaśnięciu epidemii na Warmii, kiedy rozwinął się kult św. Rocha, patrona przeciw zarazie, Jonkowo odwiedzały liczne pielgrzymki warmińskie. W tym czasie sołtysami w Jonkowie byli Marcin Barczewski i Jan Lewandowski. W 1714 r. kościół został rozbudowany od strony północnej i południowej. 14 czerwca 1715 r. kościół był ponownie konsekrowany przez sufragana warmińskiego Jana Franciszka Kurdwanowskiego, ku czci św. Jana Chrzciciela i św. Rocha. Po kolejnej przebudowie kościół w Jonkowie był ponownie konsekrowany przez biskupa Ignacego Krasickiego 28 października 1789 r. Biskup Krasicki zachęcał miejscową ludność do utrzymywania nowo wybudowanej szkoły, na którą rząd pruski przekazał sumę 100 talarów. W tym czasie nauczycielem w szkole był wówczas Józef Bolewski.
3 lutego 1807 r. w okolicach Jonkowa miało miejsce starcie znane jako bitwa pod Olsztynem lub bitwa pod Jonkowem. Wówczas w Olsztynie, Gutkowie i Jonkowie przebywał (wraz ze swoimi wojskami) cesarz Francuzów Napoleon Bonaparte, który dowodził walkami z Rosjanami.
Na początku XIX w. we wsi mieszkało około 286 osób. W połowie XIX w. zaczęła się powolna emigracja zarobkowa do Niemiec. W 1914 r. nastąpiła kolejna rozbudowa kościoła.
Gotycki kościół wybudowano w XIV w. Później był kilkakrotnie przebudowywany. Obecnie jest to budowla z elementami architektonicznymi w stylu renesansowym, barokowym i neogotyckim. Projekt ostatniej fazy rozbudowy sporządził Fritz Heitmann. Wieża pochodzi z końca XVIII w. Drewniane sklepienie z barokowa polichromią, ołtarz główny z XIX w. z obrazem św. Rocha i rzeźbami św. Pawła i Piotra.
↑Rozporządzenie Ministrów: Administracji Publicznej i Ziem Odzyskanych z dnia 12 listopada 1946 r. o przywróceniu i ustaleniu urzędowych nazw miejscowości (M.P. z 1946 r. nr 142, poz. 262)
↑Gazeta Wyborcza Olsztyn 4 września 2008, str. 4 "Kopernik oprowadzi nas po Warmii", T. Kurs.
Jan Bałdowski, Województwo olsztyńskie, Vademecum turystyczne, Krajowa Agencja Wydawnicza, 1980. (str. 57-58 opis wsi, Kopernik)
Tomasz Darmochwał, Marek Jacek Rumiński: Warmia Mazury. Przewodnik, Białystok: Agencja TD, 1996. ISBN 83-902165-0-7, s. 154
RobertR.SyrwidRobertR., Kościoły parafialne gminy Jonkowo, Olsztyn: Wyd. Littera, 2005, ISBN 83-89775-02-6, OCLC749503115. Brak numerów stron w książce
MieczysławM.WieliczkoMieczysławM., JaninaJ.BoskoJaninaJ., BronisławB.MagdziarzBronisławB., Kościoły i kaplice Archidiecezji Warmińskiej, tom I. Święta Warmia, Olsztyn: Kuria Metropolitalna Archidiecezji Warmińskiej, 1999, ISBN 83-86926-07-4, OCLC831022259. Brak numerów stron w książce
Rober Syrwid, O dawnym Jonkowie, "Z Jonkowa i okolic" 1995, nr 9, s. 9-10.
Georg Kellmann, Historia parafii Klebark Wielki, jej wiosek i okolic. Parafia p.w. Znalezienia Krzyża Świętego i Narodzenia Najświętszej Marii Panny w Klebarku Wielkim, Klebark Wielki 2007, ISBN 978-83-918968-1-5