Córka Piotra I – księcia Burbonii i Izabeli de Valois. Izabela była córką Karola de Valois i jego trzeciej żony – Mahaut de Châtillon, była więc przyrodnią siostrą króla Filipa VI Walezjusza. Ojciec Joanny (Piotr), jej dziadek (Ludwik I) i brat (Ludwik II) cierpieli na zaburzenia psychiczne.
8 kwietnia 1350 roku w Tain-l’Hermitage Joanna poślubiła przyszłego króla Karola V Mądrego. Joanna również cierpiała na zaburzenia psychiczne – po urodzeniu swojego siódmego dziecka miała poważne załamanie nerwowe. Jej najstarszy syn, który przeżył dzieciństwo, Karol VI został nazwany Szalonym, ponieważ miał częste ataki schizofrenii.