Był synem Józefa i Aleksandry z Kowalskich. Ojciec pracował w Bogurzynie jako organista i nauczyciel śpiewu, a krótko po przyjściu na świat syna przeprowadził się do Wojnówki, gdzie nabył i prowadził gospodarstwo rolne; zmarł w 1936. Jerzy Cytowski kształcił się w szkole powszechnej w Wojnówce (1932–1939), dalszą naukę w szkole średniej w Działdowie uniemożliwił mu wybuch II wojny światowej. Do 1942 pracował wraz z matką i rodzeństwem w gospodarstwie, a przez pozostałe lata wojny pozostawał zatrudniony w warsztatach samochodowych w Mławie. W 1946 wstąpił do ludowego Wojska Polskiego i kontynuował naukę w Technicznej Szkole Lotniczej, po ukończeniu której w 1948 pracował przez rok jako mechanik lotniczy w Bydgoszczy. W 1949–1950 był słuchaczem szkoły oficerskiej, potem jej wykładowcą.
W 1961 w Wojskowej Akademii Politycznej w Warszawie uzyskał dyplom magistra historii, w 1967, na podstawie rozprawy Organizacja pracy polityczno-wychowawczej w 1 Armii Wojska Polskiego (kwiecień 1944 – maj 1945) – dyplom doktora nauk humanistycznych. Pozostawał z tą uczelnią związany od stanowiska starszego asystenta po profesurę. Stopień doktora habilitowanego nauk wojskowych, w zakresie szkolnictwa i wychowania politycznego wojska, uzyskał w 1976 po przedstawieniu dysertacji Wychowanie wojska w Polsce w XVIII wieku. Tytuł profesora nadzwyczajnego nauk humanistycznych otrzymał w 1990. Przez pewien czas kierował Zakładem Teorii i Historii Wychowania Wojskowej Akademii Politycznej, a w latach 1983–1990 pełnił funkcję prodziekana Wydziału Nauk Pedagogicznych.
W 1991 przeszedł na emeryturę; z armią pożegnał się w stopniu pułkownika. Od września 1993 do końca życia był związany z Katedrą Teorii i Historii Wychowania w Instytucie Pedagogiki na Wydziale Humanistycznym Wyższej Szkoły Rolniczo-Pedagogicznej w Siedlcach.
W pracy naukowej zajmował się dziejami wychowania wojskowego w Polsce, w tym tradycjami kościuszkowskimi w wychowaniu patriotycznym żołnierzy, znaczeniem osoby generała Jana Henryka Dąbrowskiego w tradycji wychowania wojskowego, wychowaniem wojskowym w Polsce w wieku XVIII (m.in. Szkołą Rycerską i reformami Komisji Edukacji Narodowej). Badał poglądy Szymona Marycjusza, Andrzeja Frycza Modrzewskiego i Stanisława Konarskiego na wychowanie żołnierzy. Ogłosił przeszło 120 prac naukowych: monografii, skryptów, artykułów, publikacji popularnonaukowych, recenzji. Był uczestnikiem szeregu konferencji i sympozjów, zarówno krajowych jak i międzynarodowych, na których głosił referaty i komunikaty. W latach 1967–1991 sprawował opiekę nad 88 pracami magisterskimi i 6 pracami dyplomowymi, dalsze 10 prac magisterskich powstało pod jego kierunkiem w półtorarocznym okresie siedleckim (1993–1995). Od 1976 wypromował 7 doktorów. Recenzował prace doktorskie i habilitacyjne innych badaczy.
Od 1952 był żonaty z Danutą Marią z domu Cybulską (1932-2014). Współpracownicy z okresu pracy w Siedlcach zapamiętali go jako człowieka pogodnego, o wysokiej kulturze osobistej, chętnie dzielącego się z młodszymi naukowcami swoją wiedzą i doświadczeniami. Zmarł 16 kwietnia 1995, pochowany został w Warszawie na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach (kwatera G-2a-64)[1].