W wieku 12 lat zaczął przysługiwać w soborze św. Mikołaja w Białymstoku. W tym okresie po raz pierwszy spotkał się z biskupem Sawą (Hrycuniakiem), co przesądziło o jego późniejszej decyzji o wstąpieniu do monasteru. Według własnych wspomnień biskupa Jerzego, decyzję tę podjął w wieku trzynastu lat, zaś jako piętnastolatek, 31 maja 1989, złożył u biskupa Sawy podanie o zgodę na złożenie wieczystych ślubów mniszych. Duchowny skierował go do monasteru w Supraślu jako posłusznika, pod opiekę jego przełożonego Mirona (Chodakowskiego)[1].
Równocześnie ze wstąpieniem do monasteru Mariusz Pańkowski rozpoczął naukę w Prawosławnym Seminarium Duchownym w Warszawie, które ukończył z wyróżnieniem w 1993, zdając równocześnie egzamin dojrzałości[2]. 17 grudnia 1993 przyjął postrzyżyny zakonne w riasofor[3]. Pracował jako nauczyciel religii prawosławnej w przedszkolu w Supraślu[1].
Wielokrotnie znajdował się w składzie delegacji Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego przebywających z oficjalnymi wizytami w innych lokalnych Kościołach Prawosławnych[1]. Był również delegatem PAKP na posiedzenia komisji przygotowującej sobór panprawosławny[2].
W 1999 obronił pod kierunkiem metropolity Warszawy i całej Polski Sawy pracę magisterską nt. Nauka św. Grzegorza Palamasa o niestworzonym świetle[3]. Studia teologiczne w Chrześcijańskiej Akademii Teologicznej ukończył z wyróżnieniem. W 2003 obronił rozprawę doktorskąMistyka światła w tradycji Kościoła Wschodniego również napisaną pod kierunkiem metropolity Sawy[2]. W tym samym roku został zatrudniony w ChAT jako wykładowca teologii zasadniczej, homiletyki oraz języka cerkiewnosłowiańskiego[3]. Homiletykę wykładał również w Prawosławnym Seminarium Duchownym[3].
W 2006 został kierownikiem Katedry Prawosławnej Teologii Praktycznej ChAT. W 2008 uzyskał stopień doktora habilitowanego nauk teologicznych na podstawie rozprawy poświęconej postaci św. Ignacego (Brianczaninowa)[3][19]. W tym samym roku objął funkcję kierownika Sekcji Teologii Prawosławnej ChAT[2]. W 2012 został prorektorem ChAT (w 2016 został wybrany na kolejną kadencję[20]).
W poszukiwaniu Zbawienia. Bogactwo i piękno życia duchowego w ascetyczno-teologicznej myśli św. Ignacego Branczaninowa, Wydawnictwo Naukowe ChAT, Warszawa 2006
Teologia kerygmatu, Wydawnictwo Naukowe ChAT, Warszawa 2012
Na początku był Chrystus. Z bp. Marcinem Hintzem, bp. Jerzym Pańkowskim i bp. Grzegorzem Rysiem rozmawiali Jakub Drath i Janusz Poniewierski, Wydawnictwo Znak, Kraków 2016
↑ abcdeModlitwa nas łączy. Z biskupem siemiatyckim, prawosławnym ordynariuszem Wojska Polskiego rozmawia Anna Radziukiewicz, „Przegląd Prawosławny”, nr 11 (305), ISSN 1230-1078, ss.4–7
↑ abcdefJ. Charkiewicz, Biskup Siemiatycki Jerzy (Pańkowski) nowym Biskupem Wojskowym Prawosławnego Ordynariatu Wojska Polskiego, „Wiadomości Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego”, nr 7–8 (248–249), ISSN 0239-4499, s.3
↑ abcdefghijks. M. Bendza, Jego Ekscelencja Biskup dr hab. prof. ChAT Jerzy (Pańkowski) Prawosławny Ordynariusz Wojskowy, „Polski Żołnierz Prawosławny”, nr 3 (65), lipiec-sierpień-wrzesień 2010, ISSN 1233-7587, s.5
↑W służbie Bogu i ludziom, Warszawska Metropolia Prawosławna, Warszawa 2008, ISBN 978-83-60311-14-1, s.72
↑Postanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 5 czerwca 2014 r. nr 115-10-14 w sprawie nadania tytułu profesora (M.P. z 2014 r. poz. 546).
↑Jerzy Pańkowski. www.chat.edu.pl. [dostęp 2015-06-05]. [zarchiwizowane z tego adresu (2015-04-03)]. (pol.).