Pochodził z rodziny rolniczej, był synem Jana, aktywnego w Stronnictwie Ludowym, oraz Petroneli z Wilków. Maturę zdał w Prywatnym Koedukacyjnym Gimnazjum w Kolbuszowej, w roku 1937 rozpoczął studia na Wydziale Prawa Uniwersytetu Jagiellońskiego. W stopniu podporucznika ukończył Kurs Podchorążych Rezerwy Piechoty w 22 Dywizji Piechoty Górskiej. W kampanii wrześniowej 1939 roku walczył w szeregach 2 psp.
W czasie okupacji niemieckiej w konspiracji ZWZ-AK. Oficer łączności, a w latach 1942–1944 adiutant Komendy Obwodu AK Kolbuszowa. Jesienią 1944 roku przeniesiony do Obwodu AK Rzeszów, gdzie był adiutantem komendanta Obwodu, płk. Mieczysława Kawalca (ps. Żbik). Awansowany został do stopnia kapitana. W 1945 roku działał w organizacji „NIE”, a następnie w Delegaturze Sił Zbrojnych na Kraj. Nie ujawnił się. Jesienią 1945 roku podjął dalszą działalność konspiracyjną w WiN jako szef łączności Krakowskiego Okręgu WiN, a następnie od października 1945 do sierpnia 1946 roku szef łączności zewnętrznej Obszaru Południowego WiN, szef kancelarii i archiwum tego Obszaru. Od sierpnia 1946 do grudnia 1947 roku kierował łącznością zewnętrzną IV Zarządu Głównego WiN. Posługiwał się dowodem tożsamości i legitymacją członkowską PPS na nazwisko „Józef Borzęcki” i „Jan Dul”. Od jesieni 1945 do końca 1947 roku był stałym łącznikiem WiN-u z prymasem Hlondem. Aresztowany przez funkcjonariuszy MBP 2 grudnia 1947 roku w Warszawie na ul. Książęcej. Po trzyletnim brutalnym śledztwie prowadzonym pod bezpośrednim nadzorem NKWD, wyrokiem Wojskowego Sądu Rejonowego w Warszawie z 14 października 1950 roku skazany na dwukrotną karę śmierci.
Tak mówił o śledztwie podczas rozprawy IV Prezes WiN (Łukasz Ciepliński):
W czasie śledztwa leżałem skatowany w kałuży własnej krwi. Mój stan psychiczny był w tych warunkach taki, że nie mogłem sobie zdawać sprawy z tego, co pisał oficer śledczy.
Zamordowany strzałem w tył głowy 1 marca 1951 roku w więzieniu mokotowskim, wraz z innymi oficerami, członkami IV zarządu WiN.
17 września 1994 roku w 55. rocznicę agresji ZSRR na Polskę odbył się jego symboliczny pogrzeb na cmentarzu w Kolbuszowej. Uroczystość poświęcono też jego młodszemu bratu Augustowi (ur. 1919), poległemu jako żołnierz Armii Krajowej w czasie akcji Burza 27 sierpnia 1944 roku. Inny z braci Batorych Stefan (ur. 1921) za przynależność do AK wywieziony został do łagrów w Stalinogorsku.
21 czerwca 2021 roku odsłonięto powstały na ścianie szkoły podstawowej w Weryni mural poświęcony Józefowi Batoremu. Autorem dzieła jest Arkadiusz Andrejkow[9].
Andrzej Zagórski, Józef Batory, w: Małopolski słownik biograficzny uczestników działań niepodległościowych 1939–1956, tom I (zespół redakcyjny Teodor Gąsiorowski, Andrzej Kuler, Andrzej Zagórski), Towarzystwo Sympatyków Historii, Kraków 1997, s. 20–22 (z fotografią)