Urodził się 7 kwietnia 1506 roku na zamku Xavier w Królestwie Nawarry[3]. Jego rodzicami byli Doña María de Azpilcueta i Don Juan de Jassu, doktor prawa Uniwersytetu Bolońskiego[3]. Miał dwie siostry: Magdalenę i Anę oraz dwóch braci: Miguela i Juana[4]. Matka była dziedziczką rodu szlacheckiego, wywodzącego się od Karola Wielkiego i właścicielką dwóch zamków: Azpilcueta i Xavier[5]. Ojciec był prezydentem Rady Królewskiej Jana III[5]. Franciszek w wieku 18 lat otrzymał tonsurę, co zapewniało mu niepowołanie do wojska[4]. W 1512 roku wybuchła wojna pomiędzy Hiszpanią, a Francją, a Nawarra została włączona do Królestwa Aragonii[4]. Powodowało to kilka nieudanych powstań, w których brali udział bracia Franciszka[6]. On sam nie był zainteresowany karierą wojskową, a z pomocą swojego kuzyna Martína de Azpilcuety postanowił poświęcić się nauce i w 1525 roku wyjechał do Paryża[7].
Studiując mieszkał w Collège Sainte-Barbe[8]. Przez pierwszy rok studiował łacinę, a przez kolejne trzy – filozofię i nauki Arystotelesa[9]. Zawarł tam serdeczną przyjaźń z Piotrem Faberem[10]. Po uzyskaniu tytułu magistra filozofii, zaczął wykładać ja w Kolegium Dormans-Beauvais[11]. W 1529 roku poznał Ignacego Loyolę, jednak z początku odnosił się do niego z silną niechęcią[12]. Starał się wówczas o funkcję kanonika kapituły w Pampelunie i inne dobra[13]. Ignacy starał się przekonać go do porzucenia starań o dobra doczesne i osiągnął swój cel w 1533 roku[14]. 15 sierpnia 1534 roku Loyola, Faber i Ksawery założyli Towarzystwo Jezusowe i złożyli śluby czystości i ubóstwa[14]. Rok później Franciszek wrócił w rodzinne strony, aby poprawić swój stan zdrowia, a następnie udał się do Wenecji, gdzie miał ponownie spotkać się z dwoma towarzyszami[15].
Po spotkaniu w Wenecji, planowali udać się do Ziemi Świętej, a w międzyczasie opiekowali się chorymi[16]. 24 czerwca 1537 roku Loyola i Ksawery przyjęli święcenia kapłańskie z rąk biskupaDalmacjiVincenzo Nagusantiego[17]. Podczas pracy w Republice Weneckiej poznał Simão Rodriguesa i Alfonsa Salmeróna[18]. Ponieważ na Morzu Śródziemnym toczyły się walki pomiędzy Wenecją a Turkami, podróż do Ziemi Świętej stała się niemożliwa i zakonnicy rozproszyli się po Italii – Franciszek udał się do Bolonii[19]. W 1538 roku członkowie założyciele spotkali się w Rzymie, gdzie napisali zarys konstytucji nowego zakonu[20]. Wkrótce później król Portugalii Jan III Aviz, za pośrednictwem ambasadora Pedra Mascarenhasa, zwrócił się do Ignacego, aby wysłać nowych misjonarzy do Indii Wschodnich[21]. W marcu 1540 roku w podróż do Portugalii wyruszyli Franciszek, Simão i Nicolás Bobadilla[21]. W Lizbonie Ksawery dowiedział się, że Paweł III zatwierdził zakon bullą z 27 września 1540 roku[22]. W czasie roku oczekiwania na okręt, pełnił posługę duszpasterską na dworze królewskim[22]. 7 kwietnia 1541 roku wypłynął do Indii wraz z Pawłem z Camerino i Franciszkiem Mansilhasem[22].
Po przybyciu do Goa 6 maja 1542 roku poznał lokalnego biskupa Juana de Albuquerque’a[23]. Zajął się pomocą chorym w szpitalu, odwiedzaniem więźniów i wizytacją leprozoriów[24]. W miejscowym kościele Nossa Senhora do Rosario prowadził nauki o religii chrześcijańskiej[24]. Ponadto powierzył Pawłowi z Camerino pieczę nad Kolegium św. Pawła i Świętej Wiary, które kształciło nowych księży, spośród autochtonicznej ludności[24]. Pod koniec września opuścił Goa i udał się na przylądek Komoryn[25]. Mimo że osiem lat wcześniej przeprowadzono tam ewangelizację, okazało się, że tubylcy zachowują wiele zwyczajów pogańskich[26]. Franciszek przez dwa lata pracował nad przetłumaczeniem na język tamilski prawd wiary i modlitw, a następnie zajął się głoszeniem kazań, nauczaniem, budowaniem kaplic i udzielaniem sakramentów[27]. Podczas modlitw nad chorymi przekonywał, że jeśli uwierzą to wyzdrowieją[28]. Bramini jednak odrzucali nauki Ksawerego, a część ochrzczonych potajemnie czciła bogów hinduistycznych[29]. Jezuita nakazywał niszczyć kamienne posągi bożków, a nawet spalić szałas, w którym nawrócony chrześcijanin trzymał figurki[29]. W czerwcu 1544 roku mieszkańcy Komorynu zostali najechani przez Badagów, za konwersję na chrześcijaństwo[29]. Franciszek zorganizował pomoc dla prześladowanych, którzy uciekli na pobliskie bezludne wyspy[30]. Wkrótce potem rozpoczął pracę misyjną wśród kasty Makuanów[31]. Wędrował po rybackich wioskach, nauczał o chrześcijaństwie i udzielał chrztów[32]. W jednym miesiącu miał ich udzielić 10 tysięcy[32]. Odwiedził także Ćennaj, gdzie według tradycji, pochowano Tomasza Apostoła i zabrał stamtąd jego relikwie[33].
8 maja 1545 roku opuścił Wybrzeże i popłynął do Malakki, gdzie dotarł pod koniec września[34]. Nauczanie rozpoczął w kościele Wniebowzięcia Maryi Panny i zajął się przede wszystkim udzielaniem sakramentów małżeństwa i nauką języka malajskiego[35]. 1 stycznia 1546 roku odpłynął na wyspę Ambon, gdzie dominował islam[36]. W listach z tamtego okresu Franciszek nazywał religię muzułmańską „złą sektą”, którą chciał zniszczyć[37]. Odwiedził kilka katolickich wiosek i udzielił chrztów tamtejszym dzieciom[37]. 17 maja opuścił Ambon i udał się na Ternate, gdzie stacjonował sułtan Hairun[38]. Założył tam prowizoryczny szpital, a także działał duszpastersko[39]. Rozpoczął też pracę nad książką objaśniającą miejscowym Skład Apostolski[39]. Nie ukończywszy jej, wyruszył na wyspę Morotai, gdzie był śledzony przez wysłanników sułtana z Halmahery[40]. Po krótkim pobycie, powrócił na Ternate, gdzie nawrócił na chrześcijaństwo członków dworu sułtana, choć sam Hairun pozostał muzułmaninem[41]. Latem 1547 roku udał się ponownie na Ambon, a stamtąd do Malakki[41]. Ponieważ została ona najechana przez sułtana z Aczin, Ksawery nakłonił mieszkańców do przeprowadzenia ataku odwetowego[41]. Wkrótce potem postanowił opuścić Moluki i powrócić do Goa[42]. Ku jego zawodowi, okazało się, że praca misyjna na półwyspie nie była kontynuowana, a na Sri Lance w ogóle nie została podjęta[43]. Franciszek pokładał nadzieje w wicekrólu João de Castro, lecz ten zmarł w połowie 1548 roku[44]. Pisał wówczas listy do króla Jana III, by przysłał mu więcej misjonarzy[45].
Po poznaniu Anjirō – Japończyka, pragnącego przyjąć chrześcijaństwo (przyjął imię Paweł) – Franciszek postanowił wyruszyć na misję do Kraju Kwitnącej Wiśni[46]. Dotarł do Kagoshimy 15 sierpnia 1549 roku[47]. Spotkał tam jednego z najważniejszych daimyōTakahisę Shimazu, który chętnie zezwolił na szerzenie chrześcijaństwa[48]. W listopadzie napisał swój najdłuższy list, opisujący pierwsze wrażenia o Japonii[48]. Wkrótce potem zdał sobie sprawę, że Japończycy pozostają pod ogromnym wpływem kulturowym Chin[49]. Jesienią zaczął pracować, wraz z Anjirō nad przetłumaczeniem modlitw na japoński, jednak zostało to zrobione nieudolnie i powodowało szyderstwa[50]. Mnisi buddyjscy odnosili się do niego serdecznie, ale skrycie mieli wrogą postawę do obcej religii[51]. Wkrótce nakłonili oni Takahisę do nałożenia na Franciszka zakazu ewangelizacji, wobec czego wyruszył on do Mijako[52]. Podróż rozpoczął w październiku 1550 roku, a towarzyszyli mu Juan de Fernández i Bernardo z Kagoshimy[53]. Po drodze odwiedzili Yamaguchi, gdzie spotkali daimyō Yoshitakę Ōuchi[54]. Misjonarze piętnowali tam głównie bałwochwalstwo, sodomię i aborcję[55]. Podobnie jak w Kagoshimie nie odnieśli sukcesów duszpasterskich[55]. W lutym 1551 roku dotarł do Mijako, jednak nie spotkał się z cesarzem, który nie miał zresztą żadnej realnej władzy[56]. Zrozumiał także, że ubogi strój wprawiał Japończyków w niesmak, dlatego opuścił Mijako i powrócił do Yamaguchi, by spotkać się z daimyō w najlepszych szatach i obdarować go cennymi prezentami[57]. Przyniosło to skutek, bowiem feudał wydał zgodę na kontynuację pracy misyjnej, a ponadto przekazał mu opuszczony klasztor buddyjski[58]. Misjonarze przystąpili do głoszenia nauk i w ciągu dwóch miesięcy nawrócili około 500 osób, co poważnie zaniepokoiło buddyjskich mnichów[58]. Na zaproszenie daimyō Sōrina Ōtomo udał się do prowincji Bungo jesienią 1551 roku[59]. Dzięki przychylności Sōrina Ōtomo oraz Yoshinagi Ōuchi misje jezuickie zyskały protektorów[60]. Podczas podróży powrotnej do Indii, Franciszek dowiedział się, że został wybrany na prowincjała Indii i terytoriów zamorskich Portugalii[61].
Następną podróż planował odbyć do Chin, jednakże istniał tam zakaz wjazdu obcokrajowców[62]. Wobec tego Ksawery został towarzyszem ambasadora Portugalii Dioga Pereiry[62]. Towarzyszyło im kilku kleryków oraz Chińczyk imieniem Antonio[63]. Załoga musiała zrobić przystanek w Malakce, gdzie kapitan portu Álvaro de Ataíde zabronił dalszego rejsu z zazdrości o wizytę u chińskiego cesarza[64]. Po wielu prośbach i groźbach ustąpił, lecz nie pozwolił płynąć ambasadorowi Pereirze i zmienił załogę statku[65]. W sierpniu 1552 roku dopłynęli do wyspy Shangchuan, sześć mil od wybrzeża Chin[66]. Usiłował wówczas znaleźć Chińczyka, który pomógłby im się dostać do Państwa Środka[66]. Po dwóch miesiącach zgodził się na to pewien kupiec, lecz później się wycofał[66]. Ponadto Franciszka opuścili dwaj jego klerycy Alvaro i Krzysztof[67]. Nie mogąc dostać się do Chin, postanowił czekać, aż będzie tam płynąć delegacja króla Syjamu i przyłączyć się do nich[67]. 21 listopada podupadł na zdrowiu i zaczął mocno gorączkować[68]. Stosowano u niego puszczanie krwi, ale bezskutecznie[68]. Franciszek często tracił przytomność, a później także mowę[68]. Zmarł 3 grudnia 1552 roku[69].
Kult
Według tradycji chrześcijańskiej, jego ciało pozostało nienaruszone rozkładem[70] przez kilka miesięcy mimo upałów i wilgoci, potem przewieziono je do kościoła św. Pawła na Makau (gdzie do dziś pozostał otwarty grób), a później w 1553 przez Pereirę sprowadzone do Goa[71]. Od 2 grudnia 1637 znajduje się w szklanym pojemniku i srebrnej trumnie w jezuickiej bazylice Bom Jesus[72]. Na życzenie generała jezuitów Claudia Aquavivy w 1614, prawe ramię Franciszka, którym błogosławił i chrzcił zostało sprowadzone do Rzymu i umieszczone w srebrnym relikwiarzu w kościele del Gesù[72].