Po zakończeniu II wojny światowej Reuter powrócił do Berlina i w 1946 został wybrany do magistratu miasta. W okresie blokady Berlina w obecności 300 000 berlińczyków wygłosił przemówienie, w którym wzywał do nieopuszczania miasta[4]. W wyborach do władz zachodniej części miasta, zorganizowanych dwa miesiące później, jego popularność pozwoliła wygrać socjaldemokratom z 64,5% poparcia[5]. W wyniku zwycięstwa Reuter został burmistrzem miasta. Urząd ten pełnił do śmierci w 1953, wkrótce po powstaniu robotniczym. Na jego pogrzeb przybyło milion osób[5].