Przed przejściem do Bayernu Monachium Carsten Jancker grał między innymi w Hansie Rostock i Rapidzie Wiedeń. Grając w Bayernie został cztery razy mistrzem Niemiec, zwycięzcą Ligi Mistrzów i Pucharu Interkontynentalnego. W czasach zwycięstw w Lidze Mistrzów Carsten znalazł się w szczytowym punkcie swojej kariery. W 2002 roku zamienił Bundesligę na Serie A, przechodząc do Udinese Calcio. 22 marca 2004 roku napastnik przedwcześnie rozwiązał swoją, trwającą do 30 czerwca 2007 umowę i opuścił drużynę przed końcem sezonu. W barwach tego klubu rozegrał 36 meczów i strzelił 2 gole.
Jancker w reprezentacji Niemiec rozegrał 33 mecze i strzelił 10 goli. Reprezentował swój kraj na Euro 2000 oraz Mundialu 2002, gdzie jego drużyna zdobyła srebrny medal. Na tym drugim turnieju Carsten zdobył jedną z bramek w wygranym (8:0) meczu grupowym z Arabią Saudyjską. Kilka miesięcy wcześniej, w meczu eliminacyjnym przeciwko Anglii (1 września 2001 r.) Jancker zdobył jedyną bramkę dla drużyny niemieckiej (porażka 1:5).