Carlos Pavón zawodową karierę rozpoczął w 1992 w Realu España. Występował w nim przez 2 lata, w trakcie których zdobył 2 tytuły mistrzowskie, po czym przeprowadził się do Meksyku i został zawodnikiem Deportivo Toluca. Stworzył tam duet napastników z José Manuelem Abundisem. Po roku gry dla Deportivo Pavón odszedł do San Luis. W trakcie rozgrywek przeniósł się natomiast do hiszpańskiego Realu Valladolid, gdzie w linii ataku miał okazję grać między innymi u boku Chorwata Alena Peternaca. Ostatecznie Valladolid w tabeli Primera División zajęło 16. miejsce, a Pavón w 7 meczach nie zdobył żadnej bramki.
W 1996 honduraski zawodnik powrócił do Meksyku, gdzie podpisał kontrakt z Correcaminos. Następnie był graczem kolejno takich drużyn jak Necaxa, Atletico Celaya oraz Morelia, jednak w żadnej z nich nie grał zbyt długo. W sezonie 1998/1999 zdobył dla Atletico Celaya 26 goli w 31 spotkaniach, natomiast podczas rozgrywek 2000/2001 strzelił 13 bramek w 28 meczach dla Morelii.
Dobra skuteczność napastnika sprawiła, że latem 2001 trafił on do włoskiego Udinese Calcio. Tam pełnił rolę rezerwowego, bowiem w pierwszym składzie grywali zazwyczaj David Di Michele, Vincenzo Iaquinta i Siyabonga Nomvethe. Pavón w rundzie jesiennej sezonu 2001/2002 zanotował 7 występów w lidze. Strzelił w nich 1 gola, 26 sierpnia podczas swojego debiutu w Serie A z Torino FC. W styczniu 2002 Pavón przeszedł do drugoligowegoSSC Napoli. Dla nowego zespołu przez rok nie zdobył jednak żadnej bramki i na początku 2003 powrócił do Hondurasu. Podpisał tam umowę ze swoim pierwszym klubem w karierze – Realem España.