Druga płyta zespołu pt. Inquisition Symphony została wydana 22 września 1998 roku[6]. Płyta dotarła do 10. miejsca fińskiej listy sprzedaży[7]. Wszystkie utwory na płycie zaaranżował Eicca Toppinen, poza „One”, który przygotował Max Lilja. Nagrania wyprodukowali Otto Donner i Hiili Hiilesmaa. Album nagrał i zmiksował Juha Heininen z Millbrook Studio. Na albumie Inquisition Symphony po raz pierwszy ukazały się autorskie kompozycje zespołu. Pozostałe utwory to interpretacje utworów grup Faith No More, Sepultura, Pantera i Metallica. W 1999 roku Manninen opuścił zespół, a zastąpił go Perttu Kivilaakso. 28 kwietnia 2000 roku ukazał się trzeci album studyjny grupy pt. Cult[6]. 30 lipca 2010 roku ukazało się pierwsze wydawnictwo DVD formacji zatytułowane Live[10].
Na początku 2002 roku z zespołu odszedł Max Lilja z powodu nieporozumień z pozostałymi muzykami[11]. Obowiązki czwartego wiolonczelisty objął ponownie Antero Manninen, który dołączył do grupy jako muzyk sesyjny. W międzyczasie zespół podpisał kontrakt ze stacją telewizyjną Fox Sports Net zezwalający na wykorzystanie kompozycji „Hall of the Mountain King” w spotach reklamowych promujących NASCAR w Stanach Zjednoczonych[12]. 21 września w Japonii ukazała się pierwsza w dorobku zespołu kompilacja zatytułowana Best of Apocalyptica. 19 maja 2003 roku został wydany singel „Faraway Vol.2” promujący nową płytę formacji[13]. Czwarty album studyjny grupy zatytułowany Reflections został wydany 2 października. Gościnnie w nagraniach wziął udział perkusista grupy Slayer – Dave Lombardo, który zagrał w pięciu utworach. W pozostałych kompozycjach na perkusji zagrał fiński muzyk sesyjny Sami Kuoppamäki. 6 października został wydany kolejny singel formacji pt. „Seemann”[14]. Kompozycja będąca interpretacją utworu z repertuaru Rammstein została nagrana z gościnnym udziałem niemieckiej wokalistki Niny Hagen[14]. Cieszący się popularnością singel dotarł m.in. do 13. miejsca niemieckiej listy przebojów. Wykonanie skomplementował również członek Rammstein – klawiszowiec Christian „Flake” Lorenz, który określił utwór jako nagrodę cenniejszą od Grammy czy Echo[15]. Również w 2003 roku jako muzyk sesyjny do grupy dołączył perkusista Mikko Sirén.
Latem 2004 roku dzięki Harmageddon Publishing po raz pierwszy ukazały się transkrypcje nutowe kompozycji Apocalyptiki[16]. 29 listopada ukazał się singel pt. „Bittersweet” zwiastujący piąty album grupy. Gościnie w utworze zaśpiewali:Lauri Ylönen z grupy The Rasmus oraz lider zespołu HIM – Ville Valo[17]. 24 stycznia 2005 roku został wydany piąty album studyjny formacji pt. Apocalyptica[18]. Płyta dotarła do 2. miejsca fińskiej listy sprzedaży oraz uzyskała status złotej płyty, sprzedając się w nakładzie 15 000 egzemplarzy[7][9].
14 lutego 2005 roku został wydany drugi singel pt. „Wie Weit”, natomiast 23 lutego została wydana anglojęzyczna wersja singla pt. „How Far”[19]. W obu kompozycjach opartych na instrumentalnym „Quutamo” zaśpiewała Marta Jandová wokalista Die Happy[19]. Na singlach ukazała się również francuskojęzyczna wersja utworu pt. „En Vie”, którą wykonała Emmanuelle Monet. Również w lutym zespół odbył europejską trasę koncertową, poprzedzając Rammstein[20]. Z kolei w marcu zespół zagrał po raz pierwszy w historii szereg koncertów w Stanach Zjednoczonych[21]. 11 kwietnia 2005 roku ukazał się trzeci i ostatni singel promujący płytę zatytułowany „Life Burns!”[22]. Do utworu został zrealizowany również teledysk[22]. W sierpniu zespół wystąpił podczas ceremonii otwarcia Mistrzostw Świata w Lekkoatletyce w Helsinkach[23]. We wrześniu Apocalyptica ponownie wystąpiła w USA, gdzie odwiedziła m.in. Los Angeles, San Francisco i Chicago[24]. Tego samego roku Sirén został oficjalnym członkiem formacji.
22 stycznia 2006 roku zespół wystąpił podczas otwarcia międzynarodowych targów MIDEM w Palais des Festivals w Cannes[25]. Z kolei 13 marca niemiecka stacja telewizyjna ZDF wyemitowała film Die Mandantin w reżyserii Marcusa O. Rosenmüllera zawierający ścieżkę dźwiękową składającą się w całości z kompozycji zespołu[26]. 12 maja grupa zagrała ośmiominutowy medley podczas Konkursu Piosenki Eurowizji[27]. 26 maja została wydana dwupłytowa kompilacja nagrań formacji zatytułowana Amplified – A Decade of Reinventing the Cello[28]. Wydawnictwo poprzedził wydany 19 maja singel „Repressed”, w którym gościnnie wystąpili Max Cavalera z zespołu Soulfly oraz Matt Tuck z Bullet for My Valentine[29]. We wrześniu 2007 roku ukazał się szósty album zespołu zatytułowany Worlds Collide[30]. Płytę poprzedził singel „I’m Not Jesus”, który ukazał się 14 września 2007 roku[31]. Gościnnie w utworze zaśpiewał Corey Taylor członek formacji Slipknot. Do kompozycji zrealizowany został zrealizowany również teledysk, który wyreżyserował Tony Petrossian[31].
17 października 2007 roku ukazał się drugi singel promujący płytę „S.O.S. (Anything But Love)”, w którym zaśpiewała Cristina Scabbia członkini włoskiej formacji Lacuna Coil[32]. 8 marca 2008 roku muzycy wystąpili podczas gali Emma-gaala w Kulttuuritalo w Helsinkach. Grupie towarzyszyła popowa piosenkarka Hanna Pakarinen z Apocalyptiką wykonała kompozycję „S.O.S. (Anything But Love)”[33]. 15 czerwca Apocalyptica dała koncert w ramach Download Festival, podczas prezentacji utworu „S.O.S. (Anything But Love)” do grupy dołączyła wokalistka Cristina Scabbia, która w oryginale wykonała utwór na albumie Worlds Collide[34]. 16 czerwca zespół otrzymał nagrodę Metal Hammer Golden Gods w kategorii Breakthough Artist[35][36]. Ceremonia wręczenia nagród odbyła się w Indigo O2 w Londynie[36]. 27 lipca z okazji obchodów rocznicy powstania warszawskiego zespół wystąpił w Warszawie, w Muzeum Powstania Warszawskiego[37]. Natomiast 9 sierpnia w Dallas w USA muzycy wzięli udział w Ozzfest, poprzedzając m.in. występy Metalliki, Ozzy’ego Osbourne’a oraz Cavalera Conspiracy[38].
Natomiast 11 grudnia tego samego roku został wydany trzeci i ostatni singel z płyty „I Don’t Care” z gościnnym udziałem Adama Gontiera z grupy Three Days Grace. Do piosenki został zrealizowany również teledysk[39]. Cieszący się, prawdopodobnie największą popularnością w USA i Kanadzie utwór został później wykorzystany w 16. odcinku 8. serii amerykańskiego serialu telewizyjnego Tajemnice Smallville[40]. W marcu 2009 została przekazana oficjalna informacja o stałym odejściu Antero Manninena z zespołu. 16 kwietnia zespół wystąpił w warszawskim klubie Stodoła[41]. Ostatni koncert z udziałem Manninena odbył się 20 kwietnia w Pradze w Czechach. W maju grupa wystosowała oświadczenie, w którym potępiła wykorzystanie przez czeską republikańską partię Národní Strana kompozycji „Path” pochodzącej z płyty Cult[42]. Ugrupowanie użyło muzyki zespołu w spocie reklamowym[42]. Prawni właściciele utworu Universal Music Publishing oraz Universal Music Group zapowiedziały dochodzenie swych praw na drodze sądowej[42]. W lipcu Apocalyptica była główną gwiazdą pierwszego dnia Knock Out Festival w Krakowie[43].
8 czerwca 2010 roku ukazał się singel „End of Me” zapowiadający siódmy album formacji[44]. Do kompozycji został zrealizowany również teledysk. W sierpniu została wydana płyta 7th Symphony[45][46]. Nagrania zostały zarejestrowane w dwóch studiach: Sonic Pump Studios w Helsinkach i JHOC Studios w Kalifornii w Stanach Zjednoczonych. Podczas sesji Apocalyptica współpracowała z dwoma producentami muzycznymi Joe Barresim i Howardem Bensonem[47]. Gościnnie w nagraniach wzięli udział były perkusista formacji Slayer – Dave Lombardo, wokalistka Lacey Mosley z zespołu Flyleaf, wokalista i gitarzysta Gavin Rossdale lider grupy Bush, Joe Duplantier z zespołu Gojira oraz wokalista grupy Shinedown – Brent Smith[48][49]. Pod koniec miesiąca został opublikowany drugi obraz promujący płytę do utworu „Sacra”[47]. 24 lutego 2011 roku zespół ponownie wystąpił w Krakowie, tym razem w teatrze „Łaźnia Nowa”[50]. 25 stycznia 2020 roku wystąpili w Hali Torwar w Warszawie, w trakcie wspólnej trasy koncertowej ze szwedzkim zespołem Sabaton.