W 1992 upubliczniona została sprawa związku jego 16-letniej wówczas córki Moniki Kern z 21-letnim Maciejem Malisiewiczem. Ucieczka córki z partnerem została nagłośniona przez media, głównie tygodnik „Nie” Jerzego Urbana, „Trybunę” oraz „Gazetę Wyborczą”, na łamach której Jacek Hugo-Bader opublikował reportaż zatytułowany Mezalians. W publikacjach tych negatywnie przedstawiano ówczesnego wicemarszałka, przeciwstawiając go pozytywnie opisywanej rodzinie Macieja Malisiewicza[2][3]. Reżyser Marek Piwowski w ciągu kilkudziesięciu dni nakręcił film Uprowadzenie Agaty, nawiązujący do tej sprawy[2]. W późniejszych latach Andrzej Kern wygrał kilka procesów o naruszenie dóbr osobistych[4], m.in. proces z Jerzym Urbanem[5].
Zmarł 29 listopada 2007 w szpitalu w Zgierzu[7], jego pogrzeb odbył się 5 grudnia 2007 w alei zasłużonych cmentarza Doły w Łodzi (kwatera XXVIII, rząd 16, grób 14). Pośmiertnie został odznaczony Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski (za wybitne zasługi dla przemian demokratycznych w Polsce oraz za działalność państwową i publiczną)[8].