Karierę rozpoczynał w sezonie 1987/1988 występując w zespole Kani Gostyń. Następnie występował w Lechu Poznań, W jego barwach sezonie 1989/1990 zdobył Mistrzostwo Polski i tytuł króla strzelców (18 goli). Kolejne mistrzostwo wywalczył w sezonie 1991/92, a ponadto Superpuchar w sezonie 1990/91.
W barwach Sportingu wywalczył Puchar Portugalii w sezonie 1994/1995. Później występował w Olympiakosie Pireus, Borussii Mönchengladbach, VfL Wolfsburg, Energie Cottbus i New York/New Jersey MetroStars. W ostatnim klubie FC Erzgebirge Aue grał do 2007. Do sezonu 2006/2007 wystąpił w 462 meczach ligowych, strzelając 162 gole. W lidze polskiej wystąpił 95 razy i strzelił 43 gole[1]. W Bundeslidze zdobył 56 goli (trzecie miejsce wśród Polaków, za Robertem Lewandowskim oraz Janem Furtokiem)[2]. 7 września 2007 odbył się mecz towarzyski FC Erzgebirge Aue – Lech Poznań (2:4) z okazji zakończenia kariery piłkarskiej przez Andrzeja Juskowiaka.
Po zakończeniu kariery podjął się współkomentowania meczów i roli eksperta w kanałach telewizyjnych Polsat Sport, Orange Sport, Eurosport i TVP między innymi podczas mistrzostw świata w piłce nożnej 2018, mistrzostw Europy w piłce nożnej 2012, 2020 i Ligi Mistrzów UEFA. Od 5 czerwca 2009 do 3 stycznia 2011 roku pełnił funkcję trenera napastników Lecha Poznań[3]. Został także prezesem poznańskiego klubu TPS Winogrady[4]. 11 lutego 2014 został członkiem zarządu Lechii Gdańsk odpowiedzialnym za sprawy sportowe. 6 października 2014 został zwolniony ze stanowiska wiceprezesa ds. sportowych Lechii Gdańsk. Od 2016 zajmuje się także skautingiem w Lechu Poznań[5]. Od 2018 jest komentatorem i ekspertem Ekstraklasy na antenach kanałów sportowych Canal+. Często gości w programie Liga+[6].
↑Andrzej Juskowiak kończy karierę. sport.pl, 2007-05-18. [dostęp 2009-06-05]. Cytat: Lech Poznań: 95 meczów i 43 gole w cztery i pół roku (...). Wicemistrzostwo olimpijskie w Barcelonie i tytuł króla strzelców. Sporting Lizbona – bohater przez trzy sezony. Borussia Mönchengladbach i straszenie Davida Seamana. Podstawowy zawodnik Vfl Wolfsburg przez trzy i pół sezonu. Ilu mieliśmy takich zawodników oprócz Juskowiaka?.
↑"Po siedemnastu latach wracam na Bułgarską" – Andrzej Juskowiak. LechPoznan.pl, 2009-06-05. [dostęp 2009-06-05]. [zarchiwizowane z tego adresu (2009-06-08)]. Cytat: Juskowiak: "Jestem niezwykle szczęśliwy, że po 17 latach znów jestem w Lechu Poznań i postaram się zrobić wszystko, aby moje doświadczenie przyczyniło się do jeszcze lepszych wyników tego zespołu. Swoją rolę widzę szczególnie we współpracy z zawodnikami ofensywnymi.".
↑Kontakt. Oficjalna strona klubu TPS Winogrady Poznań. [dostęp 2018-05-28]. (pol.).