Nazwa klubu pochodzi od rzeki nad którą leży Chabarowsk - Amuru. Pierwotnie klub został założony w 1966 jako SKA Chabarowsk. Obecna nazwa wraz z nowym herbem została nadana w 1997. Rok wcześniej klub po raz pierwszy awansował do Superligi i występował w niej do 2004, gdy został zdegradowany do Wysszaja Liga. W 2006 powrócił do najwyższej klasy rozgrywkowej, a drużynę prowadził wówczas (2005-2006) trener Andrej Sidorenko (pracujący wcześniej w Polsce). Od sezonu 2006/2007 Amur ponownie występował w Superlidze. W 2007 klub szczęśliwie uniknął spadku, gdyż Superliga została powiększona do 20 zespołów, przez co z ligi spadła tylko ostatnia drużyna Krylja Sowietow Moskwa.
W 2008 Amur był jednym z 24 klubów-fundatorów nowych rozgrywek Kontinientalnaja Chokkiejnaja Liga. W początkowych sezonach rozgrywek był jedną z najsłabszych drużyn ligi. W pierwszym sezonie KHL (2008/2009) zajął 20. miejsce (na 24), w KHL (2009/2010) 21. (na 24), w KHL (2010/2011) 22. (na 23). Przełom nastąpił w edycji KHL (2011/2012), gdy na początku sezonu drużyna plasowała się na pierwszym miejscu w swojej Dywizji Czernyszowa. Ostatecznie zajęła w niej 4. miejsce i siódme w całej Konferencji Wschód, awansując po raz pierwszy do fazy play-off rozgrywek. W 1/8 finału Pucharu Gagarina (ćwierćfinał konferencji) Amur uległ drużynie Awangardu Omsk w stosunku 0:4 i ostatecznie został sklasyfikowany na 12. miejscu w całym sezonie (na 23 drużyn).
Klub sponsoruje miejscowa kopalniazłota. Ze względu na położenie geograficznie - rosyjski Daleki Wschód w pobliżu Morza Ochockiego - tylko do najbliższego sąsiada w lidze, Mietałłurga Nowokuźnieck, drużyna ma do pokonania 3 000 km. W sezonie 2012/2013 zaistnieje największa odległość między dwoma klubami w KHL a mianowicie od Chabarowska do Pragi w Czechach (HC Lev Praga) - 7 680 km[4].
Od początku sezonu KHL (2011/2012) do 19 grudnia 2012 roku trenerem zespołu był Fin Hannu Jortikka[5]. Jego krótkotrwałym następcą był Aleksandr Blinow, a w styczniu nowym szkoleniowcem został Jewgienij Popichin[6]. W sezonie KHL (2012/2013) drużyna nie zakwalifikowała się do fazy play-off i została sklasyfikowana na 25. miejscu w lidze. Następnie zespół dotarł do finału Pucharu Nadziei[7]. W sezonie 2013/2014 Amur nie zagrał ponownie w play-off i został sklasyfikowany na ostatnim 28. miejscu w lidze, a 1 kwietnia trenera Popichina zastąpił ponownie Blinow[8]. 12 kwietnia 2014 trenerem został Jurij Leonow[9][10]. W połowie października 2014 jego następcą został Fin Jukka Rautakorpi, a od lutego do maja 2015 jako p.o. Walerij Dawłetszyn. W edycji KHL (2014/2015) drużyna ponownie była na ostatnim 28. miejscu. W dniu 28 maja 2015 prezydentem klubu został pochodzący z Chabarowska Aleksandr Mogilny[11]. Od końca maja do grudnia 2015 trenerem był Siergiej Szepielew, a od grudnia 2015 Andriej Nikoliszyn[12] do końca kwietnia 2016. W edycji KHL (2015/2016) Amur zanotował progres i zajął 25. miejsce w KHL na 28 uczestników. Od kwietnia do grudnia 2016 głównym trenerem był Mischat Fachrutdinow, po czym zwolnione stanowisko objął dotychczasowy asystent Andriej Martiemjanow, który pracował w klubie do kwietnia 2018[13]. W sezonie KHL (2016/2017) zespół zajął 22. miejsce na 29 klubów. Od połowy 2017 do wiosny 2018 asystentem w sztabie był Konstantin Szafranow[14][15]. W edycji KHL (2017/2018) Amur okazał dobrą formę kwalifikując się do fazy play-off (z ósmego miejsca w Konferencji Wschód) i w pierwszej rundzie uległ Ak Barsowi Kazań 1:4. Ostatecznie uplasował się na 13. miejscu na 27 drużyn. Pod koniec kwietnia 2018 nowym głównym trenerem Amuru został Nikołaj Borszczewski[16]. W jego sztabie znaleźli się Jurij Leonow i Oleg Filimonow[17][18]. W styczniu 2019 odszedł ze stanowiska (został wtedy wiceprezydentem klubu)[19]. Od stycznia 2019 do lipca 2020 głównym trenerem był Aleksander Gulawcew[20][21]. W sierpniu p.o. został Pawieł Torgajew[22]. Pod koniec września 2020 nowym szkoleniowcem został Siergiej Swietłow[23]. W kwietniu 2021 nowym szkoleniowcem został Władimir Worobjow[24]. Na początku sezonu KHL (2021/2022) pod koniec września 2021 został on zwolniony[25]. W tym czasie starszym trenerem został mianowany Michaił Krawiec, a jego pomocnikami Aleksandr Prokopjew[26][27] i Andriej Sokołow[28]. W maju 2022 głównym trenerem został ogłoszony Wadim Jepanczincew[29]. Do jego sztabu wszedł Wiktar Kasciuczonak[30], a także Dmitrij Gogolew i Aleksiej Żigariew. W maju 2023 nowym trenerem został Andriej Martiemjanow[31].