Potok płynie w Beskidzie Żywieckim[5]. Dwa źródłowe cieki potoku wypływają ze źródeł na wysokości około 1200 m na południowo-wschodnich stokach Boraczego Wierchu (1244 m) i są oddzielone jego południowo-wschodnią grzędą. Łączą się dopiero na wysokości około 760 m w górnej części należących do miejscowości Złatna osiedli Cerla i Huta. Do tego miejsca obydwa cieki Śmierdzącego Potoku spływają przez las, poniżej połączenia, aż do ujścia spływają przez obszar zabudowany i uchodzą do Bystrej na wysokości około 700 m[1].
W dolnej części Śmierdzącego Potoku, na osiedlu Cerla istnieje źródło wody mineralnej o zapachu siarkowodoru. Nazywane jest Śmierdzącą Wodą, jest obudowane i przykryte dachem[6]. Na mapie Compass ma nazwę Źródła Matki Boskiej[5].